时值幕末。是忧心日本的未来，遵循各自的信念奋勇前进的志士们燃烧灵魂的时代。长州的风云人物高杉晋作和搭档桂小五郎一起，试图潜入幕府海军的船舰。目标是据说拥有“操纵时间之力”的传说秘宝“时辰仪”。高杉耳闻正是幕府要将那股力量据为己用，“那种做法太无趣了！”于是他企图破坏时辰仪——

在巨城须佐之男里跟高杉对峙的人，是跨越时间被带来的须佐之男十二将之一，真田幸村。高杉在城堡深处的工厂里，看见在先进发达的技术背后，依然遭到虐待的人民身影。并且无限斋的口中，还突然冒出高杉的老师吉田松阴所说的话。情绪激动的高杉，正打算与无限斋展开激斗，然而——另一方面在城外，出现为了保护各自重要的事物，展开行动的志士们——

高杉逃出巨城须佐之男跟桂、坂本、以藏会合。坂本正在寻找跟时辰仪同样拥有“跨越时间之力”的“晴明”这个男人。对于坂本扬言想借助晴明之力回到过去创造新时代，高杉表示反对。坂本由于意见相左离开了基地，高杉想起在长崎的某段记忆。另一方面，正在京都街道上探听的坂本和以藏面前，出现了事件的核心人物晴明——

桂在躲藏的打铁店里，近距离看到镇民为暴政所苦，因而再次于内心发誓，要早日从无限斋手中夺回时辰仪，让镇民从恐惧中解脱。然后表示“有个好点子”的高杉提议的竟是加入新选组的作战计划！桂漂亮突破入队的剑术考试，得到近藤、土方、冲田等人认可正式成为了新选组队士，展开了伪新选组队士的生活。

坂本和以藏入侵须佐之男城，与新选组队士们互相对峙。桂接下以藏的一击，让近藤当场躲过。以藏离开以后，冲田识破桂的真面目，两人之间展开认真的对决。另一方面，在须佐之男城的禁闭室里，高杉遇见了遭到囚禁的帝。帝告诉了不晓得他真实身份而一心尝试要将人从禁闭室里救出来的高杉，前往无限斋所在居室的路线。

庆喜、烝与身为御庭番的阿霞，在潜伏地点的鞍马寺度过了短暂的平稳生活。某天，潜入“巨城须佐之男”的阿雹那边，由负责传令的猫头鹰“毛豆泥丸”送来了一封密信。上头写的是无限斋现在用不了时辰仪，以及得尽早找出「晴明」将其藏匿在安全地方的事。在那样的庆喜等人面前，须佐之男十二将之一-武藏坊弁庆却拦住了他们的去路。

高杉和桂发现将武器弹药运送到须佐之男城的蒸汽火车。为了侦察，两个人一路前往大坂。然而刚到达，他们就发现了新选组的一番队组长冲田。于是迅速潜入火车。但是宿敌新选组副长土方却在那里！土方毫不留情地把高杉从列车上踹下去。高杉和桂自小便一起行动，而拆散那样的两人，穷途末路的危机在铁轨上展开。

广大水池环绕之下的金色舍利殿“金阁寺”。坂本和以藏把无限斋叫出来，提出了一笔大胆的交易！然而为了在那里抹杀坂本他们，新选组的冲田、斋藤等人的身影暗中逼近。无限斋为了测试坂本透露的“时辰仪之力”，透过新选组将以藏当成人质，并且无情地将他沉入水池中，在逐渐失去的意识之中有如走马灯一般，以藏想起跟坂本之间的往事。

庆喜等人得到“在琵琶湖西边发现了晴明”的消息，为了救他而紧急前往目的地。与决定成为无限斋的部下的近藤分道扬镳，山崎离开了新选组，但宛如在命运的指引下，他跟近藤重逢了。另一方面，高杉和桂完成了对付机关人偶的装置，但高杉在回到藏身处时，遭到土方等新选组的人闯入并逮捕。无限斋的身影则出现在于飞船中醒来的高杉面前。

近藤、冲田和小藤结束。除此之外，也有人说：“这是一件很重要的事情。”“狱门岛”。而在“黑蛇”的神秘男子引导之下，近藤等人进行了危机。那个男人的真正的身份，是因为在飞船上开始进入小岛的高杉的作品。让我跑去的小岛而合作的四人，其他的生命命运是怎样的！？

在狱门岛的比赛过后，晴明的身体忽然浮上空中发出光芒。高杉受到激流的亮光吞噬，清醒过来便发现那里是安政五年的萩城城下町。以吉田松阴为首，他和怀念的同门生久坂玄瑞、伊藤俊辅等人重逢。另一方面，同样受到亮光吞噬的桂，在里头遇见了晴明。然后高杉再次跨越时间，飞到了安政六年吉田松阴处决的瞬间。若是现在就救得了松阴老师，可是那样一来就跟无限斋一样了。出现在因纠结摇摆不定的高杉面前的则是……

高杉和桂在时间激流中，目睹无限斋的真面目。目标是决战之地，巨城须佐之男。一如既往劝谏高杉的桂，与坂本、庆喜等人的身影出现了。另一方面在城里，只见近藤等人的新选组也各自有所动作。再加上时辰仪宛如拥有“意志”一般，开始冒出诡异的黑色瘴气。此时爆炸声突然响遍须佐之男城。如今，活在风云剧变下的志士们，赌上生存之道的战斗，终于迎来最终局面！