居住在宇宙中某颗行星「海明星」的加藤茉莉香,是一个平凡无奇的高中女生,在学校参加飞艇部,下了课就到咖啡厅「提灯馆」打工,过著平淡但快乐的生活。　　有一天,提灯馆来了两个不可思议的客人,其中的女性问茉莉香：「你去过宇宙吗?想不想从更远的地方眺望这个星球?」茉莉香坦白地表示有兴趣,没想到这却成为之後一连串事件的开端。当天晚上,两位客人居然造访茉莉香的家,此时母亲梨理香才透露隐藏了十多年的祕密…

咖啡馆坐满一群凶神恶煞的客人，他们的目标都是茉莉香，因为她是海贼船弁天丸船长的女儿，也是唯一有继承权的人。但是茉莉香完全不以为意，还是照常工作。就在此时，咖啡馆爆发了枪战！被转学生栗原千秋拉著，茉莉香好不容易逃了出来。　　千秋向一头雾水的茉莉香解释，那些客人都是军方、情报部和黑手党等来历的人，他们的目的都是来看未来弁天丸船长是怎样一号人物。当天晚上，茉莉香的母亲梨理香带她到一个地方，在那里，梨理香告诉她海贼的力量是…

停泊在卫星中继站的飞艇部练习船?欧黛特II世。　　在航海练习之前的检查中，欧黛特II世遭到不明的骇客攻击，到底是谁盯上了这艘船?另一方面，各方人马针对弁天丸船长候补的茉莉香订下了不可侵犯协定，茉莉香总算可以享受片刻安宁。　　在好不容易重获的平稳时光里，期末考也结束了，飞艇部的成员出发去航海练习，航路是绕行母星塔乌星一周，经过轨道另一侧的砂赤星再折返回中继站。没想到旅程才刚开始，就发生意想不到的问题…

欧黛特II世是太阳帆船，靠太阳风推动航行，虽然不需要消耗燃料，但相对地比较没有马力。航海练习才刚开始就状况不断，经过全方位侦测，发现了三艘没有应答器(传送船名、船籍等资讯的装备)反应的宇宙船，不久又消失无踪。这宇宙是怎麼回事?　　之後，茉莉香和千秋更在轮班时发现有人企图干扰欧黛特II世的通讯，茉莉香猜测对方若真的来者不善，应该会找机会偷袭，但光靠飞艇部的成员有办法应付吗?谜样的敌船的目的究竟是…?

载著飞艇部成员的欧黛特II世，逐渐往砂赤星接近。这时茉莉香提出想更改航行计画，因为身分不明的船如果真的是敌人，到目前都不行动的原因只有一个，就是打算躲在砂赤星的反面偷袭。因此，茉莉香认为应该提早转弯，在进入反面的轨道之前先反击。敌人看准的是定期通讯後，继续朝砂赤星前进时的空档，果不其然在通讯之後，敌人就发出干扰雷射的电波，双方之间的电子战正式开打。

下定决心成为海贼船船长的茉莉香，被米莎带去完成各种申办手续後，很快就面临身为海贼的第一份工作。私船掠夺证的有效期限只有50天，在期限内如果有进行海贼活动，期限会自动延长，所以茉莉香不得不在50天内有所行动。为了做好第一份工作，茉莉香进行了战术指挥、电子战、格斗术等各种课程，海贼船巴鲁巴鲁萨的船长之女千秋也一起接受训练。米莎看著默默奋斗茉莉香，不禁猜想这女孩为什麼要接受船长一职呢?每个人怀著不同的心思，就这样到了初次工作当天…

第二学期开始了，忙於海贼工作的茉莉香成绩一落千丈，迟到早退也增加了。　　虽然被米莎和凯因叫来训话，茉莉香仍坚持不会退学。放学後在吊灯馆打工时，茉莉香突然又接到通知，匆忙赶去工作，结果和千秋擦身而过。看到千秋失望的样子，真美便邀请她出去走走，聊聊她对茉莉香的观察。　　另一方面，茉莉香穿上船长制服，在米莎的指导下开始袭击豪华客船交响曲天使号的工作。

弁天丸上发现了偷渡客，是趁袭击豪华客船交响曲天使号时混进来的。　　躲在对接控制室不肯出来的偷渡客，坚持要跟船长面对面谈话。　　茉莉香虽然出面，对方却不承认她是弁天丸的船长。　　在解释过前代船长去世和交接一事後，偷渡客才终於愿意表明身分，原来她竟来是赛雷妮缇王室的第七公主葛雷艾儿?赛雷妮缇，是为了委托弁天丸而来的。　　委托的内容是寻找黄金幽灵船，茉莉香接受了这份委托，但另一方面，赛雷妮缇政府却发出消息，宣称葛雷艾儿行踪不明，这到底是怎麼回事？

在塔乌星系外缘发现了身分不明的船舰，弁天丸受护卫舰队的委托前往调查。　　此时出现在弁天丸面前的，是一艘正在逃跑的柯巴克级战舰和追击的五艘护卫舰，看来赛雷妮缇王家正在内斗。　　弁天丸也被卷入战斗，但在葛雷艾儿的一声令下，战斗立刻停止。坐在柯巴克级上的原来是枢密院侍卫长优特夫?希夫?席德，他是奉葛雷艾儿的命令送来黄金幽灵船的资料。而茉莉香在飞艇社的社团室遇到千秋，并从她那里得知巴鲁巴鲁萨也从地下管道，接到了寻找幽灵船的委托。

出发寻找黄金幽灵船的弁天丸，接上了赛雷妮缇调查团过去装设的探测网路，并从而得知在该空域里还有其他的战舰。同时，其中一架探测仪察觉到了异变，在六光年以外的地方，发生了大规模的空间异常，很可能是幽灵船造成的。但如此一来便免不了和其他追踪战舰交战，弁天丸一边准备战斗，一边准备超高速时空跳跃。跳跃後虽然没有发现幽灵船的踪影，但观测到空间异常，其原因是受到来自其他空间的「震源」影响，弁天丸於是与追著震源而来的战舰展开战斗。

茉莉香率领的弁天丸和赛雷妮缇的神祕舰队，到底谁会先找到幽灵船？　　作战一开始，茉莉香便催葛雷艾儿去穿宇宙服，藉机调开她。　　超光速跳跃後，赛雷妮缇舰队出现在时空震汤源的另一侧，虽然弁天丸立刻就发现了，但此时又发生新的时空震汤，而且是从没见过的环状高重力源。　　「难不成是碰到中子星了？」茉莉香难掩惊讶。环状重力源以半光速通过後，空间产生了裂缝，猛烈的冲击波袭来!而在那裂缝中，竟出现了黄金幽灵船。

过去负责载送赛雷妮缇人民的星际移民用跨世代宇宙船，就是黄金幽灵船。　　在幽灵船消失於亚空间之前，弁天丸赶紧登上船内，茉莉香催著葛雷艾儿赶快去找宝藏。在船里，葛雷艾儿问茉莉香「你觉得宇宙中真的具有普遍价值的东西是什麼？」终於，装著旧式显示萤幕的宝物库被打开了，但里面却没有宝藏，原来早在经济危机的时候，就被赛雷妮缇王室变卖了。不过葛雷艾儿早就知道，她想找的是其他宝物，究竟真正的宝藏是什麼？

黄金幽灵船回到了赛雷妮缇。因为立下这份大功，茉莉香得到葛雷艾儿颁发的勋章，一下子出了名，连白凰女子学院的新生都因此增加了。葛雷艾儿的留学期限也延长，加上一起来留学的葛雷希尔德，学校变得热闹了起来。　　一天，葛雷艾儿特地到吊灯馆找茉莉香道谢，并谈到赛雷妮缇国内长久的纷争和对立。多亏茉莉香提议把幽灵船带回去，赛雷妮缇才得救。为了表示感谢，葛雷艾儿送给茉莉香一个东西，原来那是茉莉香的父亲权左卫门船长持有的戒指。

弁天丸受银河帝国生物研究所委托，将活体运输槽运送到星系防卫军的医疗船。　　原本是件简单的任务，没想到却引来意料之外的大问题。　　原来关在里面的猫猿逃了出来，所有船员都被感染了病毒，必须隔离在医院。　　茉莉香不得已只好联络保险公司，取消接下来的工作。但保险公司的修先生却指出，船员的隔离时间说不定会长达一个月，到时海贼执照就会失效。茉莉香只能硬著头皮，出去找临时船员…

结果由飞艇社的成员来帮忙海贼工作。　　计画是先搭乘欧黛特II世出发，再偷偷换乘到弁天丸，但才出发不久，就发现葛雷艾儿和葛雷希尔德又偷渡上船。而在医院里的弁天丸成员们，则急忙为少女们准备了操作手册，究竟女高中生们的海贼工作能否成功呢？

飞艇社成员终於成功启动弁天丸，连超光速跳跃都搞定了。明天就要开始练习海贼的工作内容，茉莉香急忙分配房间，让大家第一天晚上可以好好休息。　　隔天茉莉香便向社团成员们解说工作内容和步骤，因为需要高超的技术，社员们都显得有些却步。但茉莉香帮大家打气，并保证自己不会让任务失败，希望大家相信她。就这样，白凰海贼团的第一份工作开始了，究竟能不能顺利成功呢？

弁天丸的新委托人居然是飞艇社的社长琳。　　内容是拜托他们从中央航路客船最终妖精号救出前社长珍妮，而且其实真正的委托人就是珍妮本人。因为家族企业休&德里特尔星际运输的内部争权，珍妮被迫嫁给政治家的儿子，但珍妮却希望能进入宇宙大学深造。为了亲爱的社长，全员的斗志都提高了，但千秋却浇了冷水，因为这种没有固定程序的工作，对外行人太危险了，甚至可能连海贼执照都被吊销。尽管如此，茉莉香还是决定接下这份工作，一行人即将大展身手。

赌上珍妮和琳的未来，以及身为海贼的运气和可能性，茉莉香决定帮助珍妮。但策划政治联姻的幕後黑手，也就是珍妮的伯父罗伯特?德里特尔却率领贾巴沃基战舰部队紧追不舍。茉莉香们想到一个反击妙计，就是找出婚约对象，星际运输部长的长子裘那?克鲁夫的把柄。　　另一方面，住院中的弁天丸成员们也为了帮助茉莉香，骇进休&德里特尔公司的系统，查出秘密情报。弁天丸和贾巴沃基，这场拉锯战的胜者究竟会是谁呢？

飞艇社总动员的海贼工作平安结束，又恢复平稳的日子，但就连茉莉香也有些精疲力尽。不过船长的工作可不只这样，把被飞艇社弄得乱七八糟的弁天丸打扫乾净，也是船长的职责。一大堆的垃圾、搞不清楚是谁的东西，在社团活动後还继续打扫弁天丸的茉莉香，总是在接驳船上呼呼大睡，隔天再继续打起精神参加社团。就在这一阵忙乱中，搞丢了一件重要的东西，那便是从父亲权左卫门那里继承的船长证明，弁天丸的ID戒指。

飞艇社的成员们决定参加小型艇宇宙竞赛，星云杯。一群人虽然兴高采烈的，但实际上有过驾驶经验的只有小爱一人，为了锻鍊大家，前顾问老师凯因又登场了。「没时间也没实战经验，现在的状况是要啥没啥，除了我还有谁能搞定！」凯因不知为何非常热血，展开严苛的训练。茉莉香虽然对这种做法充满疑惑，但结束模拟训练时，凯因已经跑得不见人影。另一方面，葛雷希尔德们发现白凰女学院过去几年都没参加过大赛，其实背後有著惊人的原因。

飞艇社终於抵达了星云杯的比赛会场，风止星。千秋也做为海森星队的临时队员参赛，不过现场却充满肃杀之气，想当然尔原因就是相隔五年再度参赛的白凰女子学院，因为过去引起的事件，她们被其他学校视为眼中钉。另一方面，弁天丸接到比赛警卫的工作，因为弁天丸无法下降到大气层内，茉莉香便独自驾驶小型艇近距离跟监。在葛雷艾儿的鸣枪起跑後，比赛正式开始，虽然隐约觉得有大事要发生，各参赛者仍然鼓起勇气，挑战困难的赛道。

高中二年级的生活也接近尾声，期末考很快就要到了。在琳她们三年级毕业後，茉莉香就会接任飞艇社社长。在这样的生活里，有一天却传出海贼船被袭击的新闻，原来是海贼狩猎干的好事，依据保险公司传来的资料，频率大约是每周一次会有一艘海贼船被击沉。现阶段海贼船约有五六十艘，很难预测谁是下一个目标，为了对抗身分不明的海贼狩猎者，茉莉香提出一个惊人的点子，究竟这个方法会不会有效呢？

海贼狩猎的凶手原来是神祕宇宙船大十字号，在弁天丸和大十字号对峙之时，银河帝国的帕拉贝拉姆号出现了，驾驶它的是宇宙海贼铁胡子。铁胡子用立体影像投映出自己的样貌，宣称若放任海贼狩猎这样下去，这一带的海贼都会被赶尽杀绝。大十字号和帕拉贝拉姆号到底有何目的？　　另一方面，千秋带来巴鲁巴鲁萨号船长的留言，希望能召集海贼同盟组成联合战线，希望茉莉香和弁天丸给予协助，但是为了实现这个打从独立战争後就没有实行过的计画，需要某位人物的协助才行，他就是传说中的厨师。

海贼们过去曾在独立战争时，组成仅此一次的同盟关系，而如今为了对抗心的危机，海贼又再度组织共同战线。另一方面，大十字号又再次出现在弁天丸面前，大十字号可以控制重力，不受惯性束缚变换航行路线，让弁天丸陷入苦战，但弁天丸也还以颜色。之後，以弁天丸和巴尔巴尔萨号为首的海贼船，渐渐聚集到海贼巢穴，在等待大家到齐的空档，茉莉香遇到了意料之外的人。

海贼们陆续聚集到海贼巢穴，但战舰大十字号的船长克尔兹却大剌剌地现身，在她肩上的骷髅标志，正是银河帝国认可的传说中的海贼证明。面对宣布要狩猎海贼的克尔兹，茉莉香决心应战，双方互不相让，此时海贼铁胡子又再度出现，在他的肩上，也有传说中的海贼之证…

决战时刻终於来临，很凑巧地，决战的地点正好是之前黄金宇宙船出没的区域，三艘大十字号等级的战舰同时出现，揭开战斗的序幕。首先是你来我往的激烈电子战，弁天丸和其他的海贼船合作展开进攻，但克尔兹完全不放在眼里，赌上海贼船长久累积的经验和荣耀，茉莉香和海贼们的命运究竟会如何呢？

佐藤龙雄导演、卫星社satelight制作的科幻动画《暴力宇宙海贼》在TV版获得好评之后，宣布了剧场版制作决定的消息，弁天丸职员大纳会上，佐藤龙雄监督宣布了「暴力宇宙海贼」的剧场版决定将于2014年冬上映的情报！剧场版的监督和剧本还是继续由TV版的监督佐藤龙雄来担当！