小智和三色堇来到卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因无法联络而十分沮丧。在得知这里也有道馆后小智兴奋不已，和三色堇分别后便直接向密阿雷道馆前进。到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，危急时刻路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘。

小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所，在苏菲的治疗下，呱呱泡蛙逐渐恢复健康，布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。博士带小智、希特隆和柚丽嘉参观研究所，还谈到了超进化的可能性，他的烈咬陆鲨就是他的研究对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队准备行动了……

小智在希特隆和柚丽嘉的带领下，在神奇宝贝中心登记参加卡洛斯地方联盟，并决定前往白檀市挑战道馆训练家紫罗兰。希特隆、柚莉嘉、小智三人在路上遇上了咚咚鼠，柚丽嘉决定收养咚咚鼠，但忽然出现的小箭雀抢走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭着逃走了。小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但它无法对抗在天空飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。

莎莉娜在布拉塔诺博士那里得到了卡洛斯地方图鉴，并选择了火狐狸作为自己的初学者神奇宝贝。在前往白檀道馆的途中，柚丽嘉在照顾小智的神奇宝贝时，之前的咚咚鼠再次出现。柚丽嘉十分想收养它，但咚咚鼠再次逃走，于是小智和希特隆分别派出皮卡丘和掘掘兔前去收服咚咚鼠。

小智一行人来到白檀市，与此同时莎莉娜也来到了白檀市。在前往道馆的路上小智与道馆训练家紫罗兰碰面，却不知道她的道馆训练家身份。抵达道馆，小智在门口遇见了三色堇和她的伞电蜥，原来这里便是她妹妹紫罗兰的道馆。小智的皮卡丘和紫罗兰的溜溜糖球进行道馆赛，小智能获得胜利吗？

经过莎莉娜的提点，小智终于恢复了活力，继续接受三色堇的特训，让皮卡丘和小箭雀适应了在大风中的战斗。吃过晚饭后，小智又接受了希特隆的科学特训。第二天小智跟神奇宝贝们精神满满地前去挑战紫罗兰，皮卡丘对战溜溜糖球，最终打败了紫罗兰获得虫虫徽章。

得到第一枚徽章后，小智和伙伴们再次踏上旅途，向遥香道馆进发 ，莎莉娜也应邀一同出发。在莎莉娜的提醒下，小智终于想起了自己与莎莉娜是旧识。就在大家为重逢而开心时，突然传来了轰隆隆的声音，原来他们遇到了铁甲犀牛大赛，随后小智也报名参赛，莎莉娜指导他掌握了驾驶犀牛的诀窍。

前往密阿雷市途中，小智等人结识了被神奇宝贝多丽米亚拒绝的实习美容师洁西卡。洁西卡招待他们在小镇观光，期间大家的目光都被一家神奇宝贝美容院所吸引，莎莉娜还将火狐狸交予他们进行美容。没想到这伙美容师竟然是火箭队伪装的，为了救回火狐狸，大家齐心协力将火箭队打的落荒而逃，多丽米亚也因洁西卡在战斗中的舍身相救，渐渐接受了她。

小智一行人在到达遥香道馆前来到了密阿雷市，这里也是小智与希特隆、柚丽嘉相识的地方。没想到他们刚来这里就遇到了兄妹二人的爸爸，小智还意外得知希特隆就是密阿雷市道馆的馆主，而他一直向小智隐瞒此事是因为道馆已被自己制作的“希特洛伊特 ”所占领，自己却无能为力。最终希特隆在小智的鼓励下与自己的机器人进行对战，赢回道馆。

在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走博士。在他们的威胁下，博士交出了让神奇宝贝超进化的资料，于是超级喵喵诞生。而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身。

小智和希特隆等人一起在竹林里吃午餐的时候，突然冒出了两只顽皮熊猫，它们把所有人的食物都吃光了。这时火箭队出现并抓走了神奇宝贝们，却因为起内讧引起爆炸使皮卡丘它们得以逃脱。在与小智会和之前，哈力栗将流氓熊猫最为重要的竹叶破坏，致使它一蹶不振。随后大家在顽皮熊猫的带领下找到了新的竹叶，没想到火箭队却将流氓熊猫绑架。

旅行途中，小智等人捡到了被神奇宝贝卖家达兹掉落的粉蛹。当大家从君莎小姐那里得知达兹的丑恶行径后，决定救出其他被抓的粉蛹。大家制定了伪装作战计划，他们将哈力栗装扮成粉蝶蛹并以此为诱饵找到了达兹的藏身之地，有所觉察的达兹却将希特隆等人一网打尽，只剩小智与他进行战斗，关键时刻粉蝶蛹进化成了碧粉蝶。

前往遥香市途中，小智遇到了训练家普尔美艾。因为在对战中败给了仙子精灵，他便与伙伴们按照约定随普尔美艾来到一所幼稚园，让自己的神奇宝贝陪孩子们玩耍，其中有个名为兰迪的孩子却因受到过伤害而远离神奇宝贝。期间，火箭队伪装成志愿者来幼儿园表演，他们用卡车掳走了仙子精灵和皮卡丘，而呱呱泡蛙和兰迪也被关在了卡车里……

旅行途中突降大雨，小智等人躲进了一栋无人居住的诡异宅邸，这里总是发生奇怪的事情，于是大伙决定另寻出口，没想到遇见了一个奇怪的生物。柚莉嘉莫名失踪，就在大伙寻找柚丽嘉时碰到了同样在这里躲雨的火箭队。这个生物是“自制神奇宝贝”妙喵，这栋宅子的原主人丽莎婆婆与妙喵成为了朋友，还把逝去丈夫送给她的项链交给了妙喵，然而等妙喵来归还项链的时候，老婆婆已经去世了……

天色渐暗，前往遥香市的小智等人决定露营，大家一起吃饭嬉闹，其乐融融。因贪吃而肥胖的哈力栗与呱呱泡蛙和咚咚鼠进行对战，哈力栗惨败两战。当晚，哈力栗受到香气的吸引来到附近的婆婆家，没想到却卷入了一场因争吵而引发的精灵对战中。面对炎系的妖火红狐，行动逐渐迟钝的哈力栗最终减肥成功。

在神奇宝贝中心时，由于莉姆的大意，把装着皮丘的背包和柚丽嘉装着咚咚鼠的背包弄混了。看见柚丽嘉的皮丘吓得使出绝招，莎莉娜保护了柚丽嘉，皮卡丘也用十万伏特稳定了皮丘。小智等人在神奇宝贝中心问了皮丘主人的详细情况后，决定一起去找。

正在前往下一个道馆所在地遥香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱头蛙。面对拥有呱头蛙小精灵的少年忍者三平，小智对三平提出了对战的请求，于是小智的呱呱泡蛙与三平的呱头蛙的比赛就此开始。呱头蛙展现出了高超的忍术，将呱呱泡蛙和小智成功压制。面对忍术高超的呱头蛙，被压制的呱呱泡蛙最终反败为胜。

来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出自己发明的叫醒器，但却对卡比兽一点用也没有。为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒了卡比兽。

就在火箭队一众讨论如何抓皮卡丘的时候，神秘的X女士出现在火箭队的面前。为了得到皮卡丘，X女士控制了火箭队的武藏与小次郎，躲过一劫的喵喵提醒小智一行人，然而后者并未相信此事。就在喵喵辩解时，被控制的武藏和小次郎出现在大家面前，并且和X女士一起抓走了皮卡丘。希特隆利用他的器械，最终小智等人分头行动，救回了皮卡丘。

能在战斗中获得爵位的战斗城堡引起了小智等人的兴趣，在说唱兄弟尼古拉和特斯拉的带领下，小智等人来到了战斗城堡。不同于道馆战，战斗城堡的战斗充满了骑士精神，而小智也在战斗中获得了男爵的爵位，而真正的重头戏是紫罗兰和查克洛这两个公爵间的对战。比赛中小智见识到了查克洛的非凡实力，而这个查克洛正是他要去挑战的遥香道馆的馆主。

在最近流行的神奇宝贝录像里，第一名是偶像神奇宝贝组合出道的艾露和火狐狸，莎莉娜不甘示弱，也准备拍摄神奇宝贝录像出道。一番努力后莎莉娜的录像终于拍好了，但神奇宝贝中心的编辑设施却出现了问题，火箭队趁机打起了歪主意。在武藏沉醉在拍摄中时，小智等人已经赶了过来，而他们面前的水坑是摆在爱干净的莎莉娜面前的难题……

小智一行人途经古香水族馆，在那里他们不光看见了来自各地的水系神奇宝贝，还看到了黄金的鲤鱼王雕像。他们在海边看到了正在垂钓的馆长和铁臂枪虾，听说了黄金鲤鱼王的传说后，小智等人也加入了垂钓者的行列，而在一旁偷听的火箭队又开始行动了。在咚咚鼠遇到危险时，一向冷傲的铁臂枪虾伸出了援助之手。

前往遥香道馆的小智等人遇到了三色堇，而三色堇这次采访的目的地“古香镇化石研究所”引起了小智等人的兴趣。大家来到化石研究所的大冰库，遇到了喜欢亲近人的冰雪龙与冰雪巨龙。火箭队趁众人不备盗走了冰雪龙，暴露在常温中的冰雪龙时刻存在着危险，小智等人和冰雪巨龙一起靠着极光的羁绊前去救援。

为了得到第二枚徽章，小智一行人终于到达了遥香市，向查克洛先生提出道馆战的小智将要展现自己的特训成果。登上绝壁的小智得到了查克洛的认可，特训后的呱呱泡蛙用“岩石封闭”打败了大岩蛇，但拥有卓越跳跃能力的宝宝暴龙却打败了小智的呱呱泡蛙和小箭雀。在这样的情况下，属性不利的皮卡丘将迎接挑战。

因为小精灵泡芙的关系，莎莉娜和米露菲产生了矛盾，为了一较高下，两人都参加了小精灵泡芙比赛，但当比赛接近尾声时，作为材料的树果全都不翼而飞。为了寻找树果，小智一行人来到森林中，但森林的树果也全都被人偷走了。正当奶油球指示大家前往树果方向时，远处的莎莉娜发出了尖叫……

小智一行人前往第三个道馆所在的娑罗市，他们在途中遇到的花蓓蓓一直黏在柚丽嘉的花型头饰上不肯离开，它本应随身携带的妖精之花也不见踪影。来到城市后，小智他们遇到了花蓓蓓的训练家灰。灰和韩娜这对老夫妻与花蓓蓓一直生活在一起，在探望病重的韩娜时花蓓蓓弄丢了自己的花，得知情况的小智等人决定帮花蓓蓓找回妖精之花。

在小精灵表演赛中，小智目睹了卡洛斯地区冠军卡露乃的风采，她和小精灵沙奈朵有着很深的羁绊，而博士也为了调查超进化找上了卡露乃。因为巧克力蛋糕的缘故，卡露乃接受了小智的挑战。在小智和卡露乃决战的过程中火箭队又从中作梗，通过心灵的呼唤卡露乃找到了被抓走的沙奈朵，超进化后的沙奈朵发挥出了强大的力量。

小智一行人为了参加卡洛斯联盟踏上旅程，现在正往娑罗市前进。火箭队又有了馊点子，他们假扮小智、莎莉娜和柚丽嘉四处找茬，一时间小智他们成了这里的通缉犯。不明真相的小智突然被俊先生带走，称小智他们到处吃霸王餐。小智他们接受调查，而落单的希特隆遇到了奇怪的人。

小智一行在旅行中遇到了可尔妮和路卡利欧，可尔妮向小智提出战斗请求，小智接收了挑战。皮卡丘陷入苦战，可尔妮赢得了第九十九次的胜利。随后，出来捣乱的火箭队被可尔妮打跑，这下可尔妮就取得了一百次胜利。由于路卡利欧的超进化，需要准备好超进化石，因此大家一起来到石林镇寻找。

为了得到路卡利欧的超进化石，可尔妮和小智一行来石林镇。大家打探到深山的洞窟里有超进化石的消息，却被火箭队抢先一步。火箭队被什么东西吹跑了，原来洞窟深处有火焰鸡守着，要得到进化石就必须打败火焰鸡，可尔妮能办到吗？

路卡利欧的超进化石到手，可尔妮完成了路卡利欧超进化。为了确认超级路卡利欧的实力，它立马与皮卡丘展开战斗。然而路卡利欧控制不住强力波导，这让它逐渐暴走。皮卡丘遭遇暴走路卡利欧的攻击，可尔妮能阻止路卡利欧吗？

可尔妮接受超进化大叔给予的新试炼“强力的波导控制课题”，和小智一行人前往慕斯顿山，拜访某位超进化神奇宝贝的训练家。为了走近路，大家穿越黑漆漆的山洞。火箭队一路跟着他们，造成了洞窟的神奇宝贝大混乱，想办法逃出的小智和同伴们走散了，这下可糟糕了……

抵达慕斯顿山的小智一行人和可尔妮遇到了一位名为梅普尔的老婆婆，超级路卡利欧和超级大嘴娃展开了对战。再次暴走的超级路卡利欧被超级大嘴娃打倒，可尔妮一行人接受了梅普尔所谓的“花道”修行。虽然看上去是和超进化不相关的修行，但他们通过花道修行，努力达成了超进化。

为了得到第三个道馆徽章，小智一行人正踏上旅途。在途中他们遇到了欺负神奇宝贝的圈圈熊，小智一行人决定去教训它。此时摔跤神奇宝贝战斗飞鸟出现了，它的美学吸引了小智，就在小智马上就帮战斗飞鸟完成飞行重压时，邪恶的神奇宝贝出现了……

小智一行人来到卡洛斯峡谷，遇到了天空训练家在空中战斗的场景。小智跃跃欲试，也很想试试看，首先他们要学会的第一件事就是在天空飞。大家穿上飞翼服，在教练的指导下展开训练，后来小智和飞行大师娜美展开比赛，战斗飞鸟VS烈箭鹟，究竟谁能获胜呢？

小智等人来到镜穴，这里的水晶能像镜子一样映照出自己的全身。突然奇妙的事件发生了，众多倒映在镜子中的某个“小智”把皮卡丘夺走了，为了夺回皮卡丘，小智进入镜子的世界。在这个镜中世界，有好胜的莎莉娜、神速的希特隆、大小姐气质的柚丽嘉和胆小的小智。小智能否取回皮卡丘，回到原来的世界？

为了打败可尔妮，小智和希特隆展开双打比赛，但双方由于战斗不默契而发生争吵，结果小智决定训练呱呱泡蛙和战斗飞鸟。呱呱泡蛙和战斗飞鸟也总是斗嘴，合体技无法成功。没想到在训练中小智被朽木妖抓走了，战斗飞鸟和呱呱泡蛙连忙去救小智，结果……

惯例的神奇宝贝夏令营又来了，这次小智一行参加了布拉塔诺博士举办的夏令营，而火箭队也潜伏在此准备干坏事。参加夏令营的队伍中，获得分数最高的队伍可以进入殿堂。随后小智一行人与瑅耶鲁诺、莎娜和多罗巴相遇，莎娜的妙蛙种子很胆小。夏令营活动拉开帷幕，小智会遇到什么有趣的事情呢？

神奇宝贝夏令营第三天的内容是拍摄神奇宝贝短片，这次的主角是神奇宝贝们，而训练家们必须在日落前拍摄好短片。莎娜和莎莉娜都是拍摄短片的达人，两队都信心满满。为了选场景莎莉娜不小心滑落悬崖，瞬间试图伸出手帮助的小智也被卷入其中，他们二人能平安归来吗？短片又会如何呢？

夏令营的比拼还在继续，小智与瑅耶鲁诺在进入白热化阶段的夏令营里争夺第一名。下一个比赛是神奇宝贝越野赛，大家要收集各个检查点的印章，最先到达终点的队伍获胜。小智一行人干劲十足，而火箭队也完全投入了厨师的工作。小智等人顺利前进着，但由于浓雾大家与柚丽嘉走散了……

夏令营的最后一天战斗，还是小智和瑅耶鲁诺队共同竞争着首位。在决赛前，瑅耶鲁诺队去找乔伊的治疗神奇宝贝，却被突然出现并扮演厨师潜入夏令营的火箭队欺骗。瑅耶鲁诺队的神奇宝贝被带走了，瑅耶鲁诺队最终能取回神奇宝贝吗？夏令营决赛胜利能进入殿堂的究竟是哪支队伍？

小智一行人终于到达娑罗市，可尔妮和小智等人再会，小智在瑅耶鲁诺教授教的“节奏战法”还没有完成的状态进行道馆战。小智在莎莉娜的担心中，向精通塔走去。在小智一行人了解超进化的那天晚上，空空伯的秘传书被火箭夺走，决战前夜引发了大骚动，小智能否取回秘传书呢？

小智无法抑制自己的心情，瑅耶鲁诺节奏战法的练习也草草了事。娑罗道馆战终于开始，小智与擅长指挥格斗神奇宝贝的可尔妮对战。小智派战斗飞鸟、火箭雀和皮卡丘应战，但目前皮卡丘一次也没有赢过路卡利欧。那这次，经过特训的皮卡丘能胜过控制波导百万的路卡利欧吗？

在旅行途中，小智一行人遇到了用超能妙喵作为搭档的龙一兄弟，兄弟俩分别进行自己的旅行，现在正在回家途中。虽然龙一兄弟已经很久没有见面了，但两人间却飘荡着一股不和谐的气氛。两人就这样回到家中，他们的爸爸突然告诉他们要以试炼选出继承人，于是小智他们也来帮忙了。

小智一行人在旅行途中经过一家神奇宝贝中心，见到了一只总是失败的胖可丁。城里有只暴蝾螈突然暴走，被打伤的神奇宝贝被送到了这家神奇宝贝中心，这让胖可丁乱了手脚。在暴蝾螈想袭击乔伊小姐的时候，胖可丁终于鼓起勇气，挡在了暴蝾螈面前，胖可丁最终能阻止暴蝾螈吗？

小智一行人受到莎娜的邀请，来看卡洛斯女王爱儿的表演。表演期间顽皮熊猫突然出现，还在舞台上随意表演。现场一片混乱，莎莉娜发现这只顽皮熊猫非常喜欢表演，于是决定收服它。在莎莉娜收服顽皮熊猫的过程中，火箭队又跑出来捣乱了，最终莎莉娜能收服顽皮熊猫吗？

小智一行人来到希特隆的母校，由于火箭队捣乱，他们遇到了野生的勒克猫，这只勒克猫还是希特隆以前一起进行研究的时候，有深厚情谊的精灵，但是某些原因两人分开了。再会的两人间出现了无法填补的鸿沟，希特隆能取回与勒克猫的友情吗？

柚丽嘉在森林中与自称是“拉普拉斯防卫队”的小孩子相遇，而这些队员和柚丽嘉年纪相当。防卫队三人照顾了受伤的乘龙，听着乘龙的哀鸣，拉普拉斯防卫队定把乘龙送回到海里。然而火箭队再一次出来捣乱，柚丽嘉与新认识的小伙伴能安全护送乘龙回家吗？

为了得到第四个道馆徽章，准备前往海翼市的小智一行人正在吃午餐。 顽皮熊猫和哈力栗因为食物发生争吵，宁宁和小智等人相遇，而宁宁和莎莉娜一样以卡洛斯女王为目标。火箭队突然出现，还把神奇宝贝抢走了，火狐狸遇到危机，争吵中的顽皮熊猫和哈力栗能保护火狐狸吗？

离开了古香镇的小智一行人，在挑战遥香道馆的途中展开特训。在海岸钓神奇宝贝的小智，遭到毒拉蜜妮的攻击使皮卡丘中毒，路过的夫妇帮助治疗。原来夫妇二人是水中考古学者，在这一带考察沉没豪华客轮，于是小智等人帮他们一起调查。而另一方面，听说有豪华客船财宝的火箭队准备行动了……

为了参加卡洛斯的神奇宝贝联盟，小智等人朝着海翼道馆前进。途中小智一行人看见闪光的战斗飞鸟袭击布卢，但这其实是他们在练习戏剧而已。双方发生误会，小智他们不光打扰了他们彩排，还让主角艾路雷朵崴伤了脚，于是小智的战斗飞鸟代替它参加演出。就在此时，火箭队又来了。

小智一行人在对战特训中，重遇受伤的三平和甲贺忍蛙。三平接受了任务，要将神秘卷轴送去一间大屋，并被神秘的面具忍者袭击。小智几个决定帮助三平，一起前往大屋。途中他们再次遇上面具忍者并开始战斗！

小智一行人来到某个牧场，再次遇上莎莉娜的妈妈萨琪。虽然萨琪一心想培育莎莉娜成为一流的铁甲犀牛骑师，但莎莉娜下定决心要成为一个神奇宝贝表演家，不过萨琪不认同莎莉娜的决心，并以咩咩羊竞跑一决胜负。

小智一行人在旅途中再次遇上曾经占据电波观测店的乌贼王！小智几个和火箭队被乌贼王操控，动弹不能。希特隆、小次郎和喵喵幸运逃脱，想找办法拯救其他人，此时小次郎的豪喇花枝有点异样……

小智一行人在前往海翼市的途中，遇上最弱的龙系宝可梦黏黏宝。火箭队趁小智他们帮助虚弱的黏黏宝时，利用奸计夺走了皮卡丘和黏黏宝。皮卡丘和黏黏宝在危机当中，能否合力成功逃脱呢？

小智一行人在旅行途中来到河边，让宝可梦出来玩水。不过火箭队早已在那里设下陷阱，想捉走宝可梦。小智一行走散了，黏黏宝虽然跟莎莉娜会合但最终仍然走失。咚咚鼠非常落力去找黏黏宝，却发现它被火箭队捉走了！

小智一行人来到海翼市，得知宝可梦中心正在保护一只迷路的迷你冰，于是立即出发去与它见面。然而，火箭队在中途捉走了迷你冰，小智他们在捉捕火箭队时突然刮起暴风雪，究竟发生了什么事呢？

终于迎来了海翼道馆战，小智与擅长使用草系小精灵的道馆馆主福爷进行道馆战。与福爷的苦战中，小智最终选择了属性不利的呱头蛙进行对战，那么小智的作战到底是什么呢？小智最后能不能得到道馆徽章呢？

今天是海翼市一年一度举行祭典的日子。小智和莎莉娜听到大家会在誓约之树下送礼物给宝可梦来增强牵绊后，决定一起去买礼物。这是他们第一次留下连同皮卡丘在内的所有宝可梦二人独处。咦？不就是约会吗！？

今次是莎莉娜第一次在三冠卫星赛登台的日子。隐藏不住紧张心情的莎莉娜，会合了莎娜，下定决心准备出场。莎莉娜究竟能否击败莎娜，武藏等竞争对手取得胜利呢？三冠卫星赛海翼大会即将揭开序幕！

小智一行人在旅行途中的荒野，遇见了寻求帮助的受伤的跳跳猪，跳跳猪们原本在荒野中的绿洲和平的生活着，但是噗噗猪的出现，使得跳跳猪们都被欺负，只有自己逃了出去，小智一行人决定帮助跳跳猪，最后被幕后黑手火箭队所设置的笼子关了起来。从牢笼中溜出去的咚咚鼠和黏黏宝与噗噗猪进行对战！这时黏黏宝的样子！？

旅行的途中，路过卡洛斯发电站的附近的小智一行往发电站走去。然而接近发电站的皮卡丘们发生异常！其实火箭团占领发电所操纵电系神奇宝贝！小智的神奇宝贝们们帮助发电站的人员？说起来希特隆有什么烦恼的样子……？

火箭队偷袭小智一行人不成，武藏与果然翁在和小次郎失散后，不小心中毒掉到河中。 之后武藏遇上帅气的伟特医生，果然翁遇上了雌性果然翁，两个都陷入恋爱了！ 可是他们却要在火箭队和爱情中选择，结果会是如何呢？

莎莉娜开始为下一次三冠卫星赛特训，但当特训进行的不顺利时，她开始对她的神奇宝贝生气。随后，莎莉娜打算自己待一会儿，就在此时，一个叫艾蕾娜的女子对她喊话。两个人对战时，莎莉娜发现她好像之前见过艾蕾娜......

向着密阿雷市前进的小智一行人，在森林里吃饭。瑅耶鲁诺向小智发起特训战斗，火箭队的机械抓走了皮卡丘，不过，战斗的余波使得森林着火了！就在这时，小智的黏美伊儿变了！

小智一行回到了密阿雷市。小智随即向希特隆发起了挑战。突然，君莎小姐闯入，要逮捕希特洛伊特！原来是和希特洛伊特一模一样的机器人在密阿雷市大四破坏。小智一行如何可以证明希特洛伊特是被冤枉的？

终于到达密阿雷市，小智与希特隆的道馆战开始了，希特隆使用了会用电系技能的掘掘兔、技能丰富的电伞查特和强力的伦琴猫......小智能否赢得约定之战的胜利，获得道馆徽章呢？

小智在向下一个道馆出发前，先去一趟博士的研究所。布拉塔诺博士将他的烈咬陆鲨石给小智一行人展示，可是这时火箭队却突然将之抢走，烈咬陆鲨该怎么办？

小智一行人朝着香薰市持续旅行着，他们正在享受午餐时光。这时，一个带着喇叭芽的一个名字叫做贤藏的男人看见小智的黏美露龙，并表示他以前认识它，原来这里附近是小智的黏美露龙的家乡，过后小智一行人表示想去它的家乡，但那里却隐藏着黏美露龙的恐怖回忆...。

小智一行人来到了黏美露龙的家乡，但黏美露龙因为被火箭队偷袭而受了重伤，这个时候，突然来了几只花洁夫人的手下，把皮卡丘、咚咚鼠和乌波给抢走了！希特隆在影像中查到，袭击黏美露龙的人很有可能是火箭队，后来小智知道了花洁夫人其实被火箭队利用，火箭队只是想拿到黏美露龙的家乡里有治愈功效的泉水，接着火箭队驾驶了特殊的机器飞走，小智能否夺回泉水和皮卡丘呢？

小智一行人正在享受午餐时间，突然被火箭队袭击，小次郎手上正拿着一些水果，后来希特隆的伦琴猫用高速星星让火箭队的气球坠落了。过后，三只流氓熊猫突然出现并使用各种绝招攻击小智一行人和火箭队，这时，所有人和神奇宝贝都走散了！

小智一行在森林里迷路了，来到了传闻中可怕的妖怪出没的地方恐怖房屋。连续发生的奇怪现象，消失的伙伴们、另人害怕的真相是！？

成功抵达香薰市的小智一行人，正准备开始道馆战，可是正好赶上道馆训练家的时装秀。就在小智失望之时，他们遇到了新人训练家胜太，于是小智开始同他对战，这时，莎丽娜和柚丽嘉不在了！？

道馆战开始，小智迫不及待的和玛绣开始了对战，这次的小智对作战计划深思熟虑。好像…真的没问题！？

结束了道馆战后，抑制不住心情的胜太准备和小智来一场完整的对战，可是在吃完饭后，他的笔记本不见了，担心的小智等人也分头寻找笔记。其实胜太的笔记被火箭队捡到了！

在旅途中森林里，小智的战斗飞鸟捡到一颗蛋，经过小智他们的努力孵化成嗡蝠。但是，嗡蝠不会飞！于是大家想方设法帮助嗡蝠飞起来･･･

一行人旅行途经的小村子里，有很多神奇宝贝飞行训练师聚集着。原来这个村子现在有很多神奇宝贝在进行空中接力赛。小智报名参加了比赛，但嗡蝠能得到第一么？？

小智的皮卡丘拍电影？大富翁弗兰克非常喜欢皮卡丘，并邀请了小智的皮卡丘担任一套全部角色都是皮卡丘的电影！拍摄的人手不足，剧本又未完成，小智一行人决定帮忙一起拍电影！究竟这套电影能否顺利完成呢？

小智一行前去参观宝贝球工厂。但是这个参观活动其实是火箭队的陷阱，以“维护宝贝球”的名义把小智他们的的神奇宝贝全拐跑了，皮卡丘该如何是好？

莎莉娜再次参加了以神奇宝贝的魅力来竞争的三冠卫星赛。第一轮比赛是她的得意项目因此轻松通过，但在准备进行自由表演的时候，在后台却发生了意想不到的意外。

小智一行人来到一家旅馆，他们发现旅馆老板在对战获胜后夺取对方的神奇宝贝。小智不满而站出来对抗，却被老板逼他交出皮卡丘，这时洛托姆出现救走小智一行人，并告诉小智它的愿望･･･

小智一行人来到城市，参加了让神奇宝贝化装的南瓜怪人祭典。但是，祭典却被迷之老人带领的南瓜怪人集团袭击了。而且那个集团，把乔装成皮卡丘的哈力栗也抢走了...

小智一行继续前往百刻市，为了抄近路他们租了一批象牙猪来过雪山，他们在山里发现了一只生病的雪笠怪和看守它的暴雪王。为了帮助雪笠怪，小智一行分头去找药材，但是火箭队尾随而来，把象牙猪和暴雪王抓走了......

小精灵中心电路遇水短路，小智一行人帮忙修复却缺少零件，便让针栗鼠去购买，针栗鼠在采购的路上遇到了一些情况……

在训练中，长尾火狐不小心将树枝折断，找人修复时却被告知无从修起。在神奇宝贝对战中突遇火箭队，长尾火狐用折断的树枝放出了大字火……

当小智一行来到山脚下。火恐龙的突然出现让他们知道特多罗巴就在附近,原来他的目标是拍摄照片的传说神奇宝贝火焰鸟，但火焰鸟认为他们是敌人，并打算攻击他们…

火箭队得到了一只宝宝暴龙，但宝宝暴龙却在从他们手中逃脱时陷在岩石里面。这时柚丽嘉发现并救了它，他们便成为了朋友,但这时…

小智一行人走在隧道里，希特隆回想起了他和掘掘兔的故事，从让地下居住的神奇宝贝和睦相处，到收服了掘掘兔的一段经历。

小智一行人在花田休息时，莎莉娜遇见了一只很会跳舞的伊布，想收服它，但这只伊布会怕生，一看见莎莉娜就逃跑了。莎莉娜把伊布的事告诉小智他们后，决定去寻找伊布。希特隆和柚丽嘉试图用波伏蕾吸引他。虽然成功了，但希特隆和柚丽嘉都没发现，只有希特隆的掘掘兔注意到，掘掘兔便让伊布离开。小智他们都找不到伊布，莎莉娜决定进行表演吸引她。伊布会被吸引吗？莎莉娜会成功收服伊布吗？

在百刻市，莎莉娜正在为下一场三冠卫星赛彩排。一行人邂逅了带着进化后的神奇宝贝到来的瑅耶鲁诺和莎娜！莎莉娜的新伙伴伊布在这么多陌生的面孔前既激动又羞涩，莎莉娜随即提议进行双打对战，来让伊布获得些经验和自信。对战的双方是小智和瑅耶鲁诺对抗莎莉娜和莎娜！当瑅耶鲁诺和他的水箭龟再度上演战斗之舞时，伊布跟着他们打起了节奏，很快就翩翩起舞了起来，连水箭龟都跟不上了！它的一记高速星星正中要害，莎莉娜目瞪口呆…然后莎莉娜终止了比赛，来排练一个新想到的表演创意！小智和瑅耶鲁诺兴致勃勃地接着打了起来，莎娜和莎莉娜则去练习去了——因为明天，就是三冠卫星赛检录的日子了！

在三冠卫星赛百刻大会上，莎莉娜和莎娜与宁宁重聚了！主题表演是神奇宝贝猜谜，这让宁宁直接错失了夺冠的机会！莎娜、莎莉娜和武藏成功晋级了自由表演。武藏激烈的烟火表演逼得伊布去找掩护！莎莉娜在上场前四处寻找伊布——所幸她的声音把伊布叫了出来。莎娜和莎莉娜进行了出色的表演，莎莉娜得到了第二把公主金钥！三冠卫星赛一结束，瑅耶鲁诺和莎娜就跑去给他们的朋友多罗巴帮忙去了。小智的道馆赛即将拉开帷幕！

小智正在为百刻道馆道馆赛做准备时，法桐博士来到了百刻市研究神秘的百刻日晷的起源。一个年轻女子突然出现，愤怒地要求博士即刻离开！道馆训练家葛吉花随后赶到制止了自己的弟子。葛吉花有着强大而神秘的预知未来的能力！葛吉花一眼看出了小智与呱头蛙之间强烈的羁绊和他们二者的光明未来，但也同样预见了日晷正处在被摧毁的巨大危险之中——罪魁祸首正是火箭队！小智一行人和葛吉花与她的弟子们协力将坏人们又一次打飞。令人生畏的葛吉花接受了小智道馆赛的挑战，尽管自己的朋友们都有些紧张，小智已经迫不及待地要去赢得自己的第七枚卡洛斯道馆徽章了！

在该季的最后一集里，小智终于如愿以偿，做足了准备要从道馆训练家葛吉花手里赢下百刻道馆徽章。这是一场两位非常出色的神奇宝贝训练家之间的激烈的双打对战。小智有能力夺得关系着卡洛斯联盟参赛资格的超能力徽章么？

在去往映雪市的路上，柚丽嘉发现自己的包里藏着一只小小的绿色神奇宝贝。神奇宝贝图鉴无法识别它，所以她将其取名小软。不一会儿，一行人遇到了他们的朋友翔太和他的森林蜥蜴。这次重逢很快就被一群穿着红色衣服，带着奇怪眼睛的人们打断了，他们想要染指柚丽嘉的新朋友！这些坏人是闪焰队，小软则是他们神秘的Z行动中不可或缺的一环。小智和翔太联手赶走了他们，然而他们再度碰头重新计划，却被火箭队盯上了……翔太建议一行人在前往映雪市的路上从终端洞窟稍作停留，小软格外同意这个计划——所以小智一行人的下一站确定了！

小智一行人向法桐博士报告有关小软的事，而火箭队得知此事，决定去捕获小软。之后，他们在某处的草原休息。野生的胖胖哈力经过小智他们时，看见了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一见钟情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滚动表示爱意。莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗前来阻止胖胖哈力。失败后，胖胖哈力决定以打败莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗来夺得伊布的心。胖胖哈力会成功吗？

小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与法桐博士在神奇宝贝中心相会。在神奇宝贝中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，法桐博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！