小智一行人在对战特训中，重遇受伤的三平和甲贺忍蛙。三平接受了任务，要将神秘卷轴送去一间大屋，并被神秘的面具忍者袭击。小智几个决定帮助三平，一起前往大屋。途中他们再次遇上面具忍者并开始战斗！