受奥尼商会雇佣的寿飞行队正在酒馆用餐的时候，商船羽衣丸遭到空贼袭击的报警声响起了。将爱机“隼”的引擎点燃，寿飞行队向天空飞去。另一方面，抢先加入战场的纳萨林飞行队（ナサリン飞行队），被意想不到强大的敌人一个接一个地击落，以致全军覆没。然后，伴随“寿飞行队，一机入魂！”的口号，寿飞行队的女子们的战斗刚刚开始！

休假期中的寿飞行队被露露夫人紧急召集。伤愈归队，在街上大吵大闹的寿飞行队的成员千花和琪莉耶等人汇合，一同前往羽衣丸。在那里，她们被授予评议员尤莉亚的护卫任务。防范空贼的袭击，为保护她而一同出航的寿飞行队，遭遇到的空贼却跟平常的情况有所不同……羽衣丸能够平安地护送尤莉亚到目的地？

羽衣丸停靠的小镇拉哈马，似乎受到什么人的袭击。虽然受到损坏不大，但是镇的自警团的办公司被烧毁了。镇长说，那是一群自称“菁英兴业”的家伙所为。那班贼人提出用一幅破画跟拉哈马保管着的战斗机“雷电”交换的不平等交易，但这遭到村民们的强烈反对。他们突然攻击城镇，并宣告3天后再来拜访就离开了。村民们是选择交出“雷电”，还是抗战呢？——镇长，请作出决定！

为了夺回被菁英兴业抢走了拉哈马的战斗机“雷电”，寿飞行队正向敌人的巢穴飞去。但是，根据途中的机场得到的情报，那里是一座天然要塞，贸然进攻会有很大的危险。在制定作战的时候，她们遇到了正前往菁英兴业的慰劳会的阿戈雅舞蹈团。看到舞女们不愿意为任性自私的空贼工作的样子，扎拉想到了某个作战。说着“以往稍微练过……”的扎拉的大胆行动是……

在众多飞船造访的大都市阿雷希玛（アレシマ），寿飞行队再次接到尤莉亚的委托。内容是护卫尤莉亚与巨大企业武勇商会的领导人功雄的会谈。琪莉耶等人不太感兴趣，但不知为何蕾欧娜强行地接下这次委托。琪莉耶等人觉得蕾欧娜在见到功雄之后变得与平常不太一样，很不可思议。这时莉莉可说道“那不就是恋爱吗？”……伴随着空贼的来袭与同伴的恋爱话题，慌乱的一天开始了！

琪莉耶为拿阿雷希玛的防卫工作的报酬，拜访了尤莉亚的府邸。驾驶隼返回羽衣丸的途中，她遭遇到那架至今为止让自己吃到苦头，机身涂有蛇与心型标记的零战三二型。琪莉耶马上采取追击行动，逼近零战的背后。但是，对手零战的技术更高一筹，隼好几次就要被甩开，最后隼因引擎被击中，坠落在不幸山（オフコウ山）。在爆弹低气压的影响下羽衣丸不能移动，琪莉耶能够靠一个人的力量平安归来？

凯特总是沉默寡言，不表露出任何感情。那样的她，利用空闲时间去医院探病。好奇凯特跟谁见面的琪莉耶和千花，尾随在正在前往医院的凯特的身后。另一方面，纳萨林飞行队返回故乡南可（ナンコー），奥尼商会依靠着的那里的油井突然起火了。为了守护对于寿飞行队来说也是重要的燃料供应地，琪莉耶和凯特乘搭上轰炸机出击了！凯特提出的灭火方法是——？

尼奥商会接到了伊凯斯卡新市长魁的委托，运送伊及兹的超贵重品“鱼”。但是由于大肆宣传这鱼的存在，结果遭到空贼的大袭击。空贼们入侵了羽衣丸飞船的内部，控制住露露夫人等人，占据了舰桥。空贼向魁提出要求，还威胁如果不能接受条件就让羽衣丸坠落在城市中。陷入穷途末路的大危机之中，竟然是那个人的大显身手力挽狂澜？！

上次往伊凯斯卡运鱼的任务让尼奥商会和寿飞行队扬名了。但是，羽衣丸还在抢修中，于是她们各自接下各自的委托。大家纷纷外出，唯独琪莉耶闷闷不乐地留在拉哈马。随后琪莉耶被露露夫人叫去，意想不到地听到了正有别的公司想将她挖走的信息，而露露夫人也将决定权推给她让琪莉耶一时不知所措。另一方面，某个不明团伙正为调查犹汉格（ユーハング）而前往天空的“洞口”的亚莲逼近……

通过亚莲的研究，过去连接犹汉格与伊及兹的洞口将会再次打开的可能性已经判明。与此同时，魁驱使自由博爱联合向各地派遣轰炸机。排除与联合的思想不一致的人，逐渐扩大着势力。然后拉哈马终于也被魁盯上了！寿飞行队与拉哈马的居民们为了阻止轰炸站了出来！还要加上从其他城市前来避难的自警团与纳萨林飞行队…。现在，拉哈玛保卫战即将开幕！！

企图独占“洞口”从中获利的魁，将拉哈马的人民塑造成恶人。另一方面，被自由博爱联合攻击的城镇的飞行队们结成反联合的同盟军进行反击。娜欧蜜率领佯攻部队吸引联合军，那期间寿飞行队尝试去破坏伊凯斯特的轰炸机工厂……对激化的战斗抱有疑问的琪莉耶，在和魁的交战中意外地得知了三爷的去向……

作战失败，同盟军四散败走。随后洞口开始开在伊凯斯卡上空。不再犹豫的同盟军为了阻止魁独占洞口，展开了孤注一掷的作战计划。之后寿飞行队与来历不明的高速机对决，进行了巷战！同盟军能阻止魁吗？琪莉耶能找到自己的飞行方式，能找到自己的归宿吗？这场赌上天空的自由的战斗终于尘埃落定！