在《结城友奈是勇者》两年前，神世纪298年。小学六年级的鹫尾须美与同级生乃木园子、三之轮银一起被神树选为守护世界的勇者。乃木园子和三之轮银一个天然呆一个过于元气，营造出麻烦的氛围。须美自己要引导两人，而干劲十足，然而——

鹫尾须美、乃木园子、三之轮银的勇者队伍，由于准备时间少，队伍配合不足。于是决定选出队长，并合宿谋求强化配合。须美自负地认为自己就是队长，但教师安芸却指名由园子来做队长……

结束了强化的鹫尾须美、乃木园子、三之轮银，三人如今也为勇者的职责而努力。休息也是任务之一。在短暂的休息中，三人尽显小学生的姿态开始全力享乐。

鹫尾须美、乃木园子、三之轮银因小学生的活动而去远足。Vertex的出现打破了愉快的日常，由于Vertex进化行为，三人陷入危机。

为防备与激化的敌人战斗，勇者系统进化了。但是那却是个让小学六年级的少女们承担的残酷之物。即便如此少女们还是拼命地去完成任务。

与敌人的决战终于开始了。新的力量，靠满开来完成任务的勇者们，就像美丽绽放的花朵。而在那之后等待着她们的命运又会是……

结城友奈她们在讃州中学勇者部，今天也过着如往常一样的日常，忙于社团活动。

友奈和勇者部，十分地努力。

在勇者部里，又再次发生了令人惊愕的事情。

一本日记里所写下的东西，引发的展开。

结城友奈，做出了关于人生的一个重大的决定。

勇者们的呼喊声，响彻天地。