绫音与美羽初次见面後经过了两个月。季节即将步入初夏。认为这一阵子突然暴增的失控车事故都是侵略者搞的鬼的绫音，虽然与美羽一同进行追查侵略者的下落，但是因为美羽的侵略者狩猎技术一直提升不起来，所以每天都得靠自己孤军奋战。刚好在这个时候，盾神高中传出了校内闹鬼的谣言。当绫音与美羽在校内调整侵略者探测器的程式时，突然看到了类似幽灵的物体，两人於是跟随著到了地下室，最後竟然发现了被埋藏於地底的「A.E.G.I.S.」基地。而幽灵的真正面貌又是？