故事发生在《棒球英豪》约30年后的明青学园。初中部二年级学生的棒球社成员，无血缘关系的兄弟·立花投马和立马走一郎，两人对以比自己实力还要差的三年级生二阶堂为中心的社团的现状感到不满。就在这种情况下，两人的妹妹·音美入学了明青学园。

某个周日的早晨，睡过头的投马醒来后，发现家里除了音美和新收养的小狗胖奇以外谁都不在。走一郎去和女孩子约会，父母两人一起外出购物。投马把音美独自一人留在家里，自己出门去玩了。然而在去朋友阿驹的家的路上，恰好在公园中遇见了刚约会完回来的走一郎。

明青学园初中部的棒球社，在投马和走一郎的活跃下好不容易在地区大赛中成功晋级，但OB会长的儿子·二阶堂担任王牌这一不合理的状况还是没有任何改变。即使夏野向黑柳教练抗议，也以“对我的做法不满的话，就退社吧”这一回答给拒绝了。投马和走一郎打算考虑明青学园以外的高中。

明青学园在投马和走一郎的活跃下终于得以历经20年后出场都大赛。然而，在都大赛前期末考试就要来临。投马被驹以和音美德约会为赌注来比较考试成绩谁的更高，因此也在全力复习。于是，都大赛第一回合开始了。对战学校因为看不起明青学园，全都用了替补选手。

都大赛第一回合的对手是，以超强力的曲线球为武器的水神中学·西村。明青学园初中部，在第五局结束时总算是追到平分，然而在西村面前全部打线都完全没有奏效。在无法继续得分的情况下，明青学园陷入了苦战。大赛结束后，西村来立花家拜访，邀请投马和走一郎来名校·势南高中一起朝着甲子园前进。

投马和走一郎来医院探望刚做完手术的二阶堂。二阶堂将长期以来藏在心中的秘密向两人阐明。在这之后，二阶堂的父亲带着二阶堂的“1号”探访刚回到家中的投马和走一郎。明青学园有着王牌一定要穿戴前任王牌的号码比赛一场的传统。

投马和走一郎进入了明青学园的高中部，并进入了曾经达成制霸全国的棒球社。棒球社里有着，以崇拜新教练·大山而从九州跟过来的南乡为首，以及今川学长和同级生的驹这些成员。某天，投马和走一郎结束练习后回到家中，见到了大山以及他的女儿春夏。

突然的下雨使得只能在家庭餐厅避雨的走一郎，遇见了视音美为竞争对手的亚里沙和她的哥哥·浩树。而后走一郎得知了，浩树是去年甲子园前八强的东秀高中的王牌。过了些天，东秀高中向明青学园提出了练习赛的请求。投马和走一郎，向浩树的超强投球发起挑战。

东秀的王牌投手三田，一直没有让明青越雷池一步，然而明青从投马上场救援，连续七局只让东秀的打线敲出两支不怎么扎实的安打，让东秀的教练目瞪口呆，希望三田投出完全比赛来压过投马这名一年级投手的惊人表现。比赛终于进入第九局，明青棒球社能否瓦解三田的完全比赛呢？

投马在球赛之后成为风云人物，家中邮箱塞满粉丝的礼物或是信件，其中一封属名1-A-O的信件让投马好奇的拆开来看，竟然是她邀请投马陪她去散步……

投马和春夏被势南高中棒球社专车解救，而西村教练还说希望与万年第三轮就出局的明青在夏季大赛上一战，春夏一听完就拍胸脯保证，投马一定能洗刷污名，连战连胜，让西村教练感叹有青梅竹马力挺真好，投马则一直强调他和春夏一点也不熟，只是回家之后还得面对走一郎与音美……

音美到良子家玩，良子的妈妈在聊天时，发现音美的生父是自己在明青的同学，还是她的初恋情人，让音美知道了生父泽井圭一曾是明青棒球社王牌投手……

东京东区大赛开始了，明青的第一战就遇上原须见工，在今年重回夺冠热门学校的健丈高中，才一年级就担任强大的健丈打线四棒的赤井，与明青的一年级投捕搭档立花兄弟正面对决，让乖乖待在学校上课的音美忐忑不安。

面对健丈高中投球姿势特别的左投，明青学园一直缺乏有效攻势，健丈打线面对投马也无法越雷池一步，直到投马在音美的打气声中打出一支全垒打，才打破平手的局面，没想到健丈的赤井随后打出一支两分全垒打，后来居上。接着明青的进攻又轮到投马上场打击……

明青学园在落后的局面下进攻，却轮到一直没能击中球的一二棒，马上就陷入两人出局的窘境，虽然接着轮到最有希望的三棒走一郎，却遭到故意保送，接着的四棒也小心起见的保送了，然而原本以为好对付的五棒却……

明青学园终于击败强敌健丈高中，然而这场比赛也暴露出明青的不足，为了迎战下一场比赛的对手，传统棒球名校的三光学院，必须赶紧补强，而春夏也为了侦查这所非常耳熟的三光学院，意外受伤无法练新体操，便临时担任棒球社经理，弥补了棒球社的不足……

明青学园对上传统棒球名校的三光学院，意外的是投马一开始就坏球失误连连，就算三光一直没打出安打，还是让三光学院棒球社的30多年老教头信心满满，还自夸三光以打击力见长，从来没被对手投出过无安打比赛，不过还是一直觉得投马投球的样子似曾相似……

今天是明青学园创校纪念日，加上东区大赛因雨顺延，于是音美接受赤井的邀约去打保龄球，夏野却从音美口中知道这件事，不请自来，而赤井显得闷闷不乐，音美这才意会过来……

明青学园在打出无安打无失分的记录之后，再下一城，挺进十六强，这是那年夏天之后首度出现的佳绩，让校内校友以及地方人士都兴奋起来。夏野对着赤井说，这是因为高中棒球是全国最热门运动，让赤井心生羡慕……就在这种欢欣气氛中，音美却意外撞见……

明青学园以黑马之姿进入八强，只要过了这一关，就能在准决赛对上三田的东秀，而这时大山教练才注意到队上的某个问题……为了避开这个问题，教练勇敢的采用三位三年级投手轮番上阵的战术，然而是否会像春夏说的，变成提早放暑假好好休息呢……

明青以牛棚投手应战，一路苦撑到最后，因为实力差距即将落败，然而明青或许真的有棒球之神保佑，对手海旺西换上王牌投手担任终结者，想不到竟然……晋级准决赛的好消息让学校热闹滚滚，访客络绎不绝，走一郎只得让投马溜出去路跑，才能放松心情。投马却意外来到健丈高中，巧遇赤井智仁。

明青与东秀的准决赛果然演变成投马与三田的投手对决，三田持续全力投球想引诱投马跟他比球速，一旦如此当然是三年级的三田在体力上占优势，多亏有冷静的走一郎引领投马以控球为主，制造接杀来解决东秀打线，以求保留体力进行长期抗战，而投马的优异控球力，都是起于妹妹？

东秀的三田眼看双方陷入胶着，便趁着上二垒的机会，想以不曾在高中展现过的快腿突袭，盗上三垒进入得分圈。投马却因为小走一句小心投手盗垒的玩笑，突然想起三田的妹妹向音美炫耀过那件事……

明青与东秀在延长赛中，依然打得难分难舍，让投马的爸爸回想起当年在八强赛的往事。而投马开始模仿起三田省力的投球姿势，越投越稳，让三田对这个“徒弟”非常满意，不过明青在几个守备上的连续失误后，面临大量失分的危机……