从本土回到了弦神岛的古城一行人，再次回到了日常的学园生活。然而古城却发现妹妹的凪沙样子有点奇怪，以及班级上的人数近一半都不在。原来是因为这两天弦神岛上发生的事故异常的增多。而后古城和雪菜被南宫叫到了办公室……

救助了凪沙的神秘女性·狄珊珀，古城似乎从她身上想起了某些事情。与此同时，南宫找到了千贺毅人的所在处，为了阻止“深渊蔷薇”的发动，两人开始了激斗。而后，古城和雪菜也打算加入其中，没想到的是狄珊珀出现在了两人面前……

“深渊之陷”所设下的病毒，会吸取弦神岛上魔族们的魔力。吸取的魔力再聚集在一起，巨大的“深渊蔷薇”出现在了岛屿的上空。虽然纱矢华等人一起对它发起了攻击，但是在持续供给的魔力的作用下完全没有任何效果。与此同时在废弃区，古城与狄珊珀的最后一战也开始了……

虽然解决了“深渊之陷”一事，但是弦神岛上还有着许多恐怖分子。古城等人也参与了城市复原的志愿活动，而浅葱更是由于拯救了小岛而作为超强的美少女黑客受到了大家的瞩目，成为了偶像般的明星。与此同时，雪菜对于自己身体所发生的“某个异变”，由于找不到合适的对象商量而在独自承受着……