上古之时，大蜘蛛怪肆虐日本京城，危害人间。普通的居民们全无抵抗之力，此时出现了一位阴阳师，大蜘蛛怪被阴阳师所击败，从它被劈开的肚子里，流出大量的骷髅和小蜘蛛的尸体，其中有一只长得象小女孩一样的小蜘蛛还活着（即本作女主角蜘蛛娘），阴阳师本想斩草除根，但却下不了手，不顾旁人的劝阻，把她带回家了。阴阳师把幼小的蜘蛛娘当成人来抚养，但是半年后，附近村庄的男丁接连失踪。边见瑞纪的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周。某一天，古书店的房东的孙女边见瑞纪在替爷爷去古书店收房租时，无意之中打开了封印着蜘蛛娘的古书《蜘蛛怪异闻》，蜘蛛娘被放出，古书店店主砚周出于同情收养了蜘蛛娘，但瑞纪和蜘蛛娘的关系却不太和谐，为了了解蜘蛛娘，瑞纪和砚周来到月吠庵向古籍师打探蜘蛛娘的来历，古籍师给了砚周一本世代相传的古籍，上面有留下记载的土地，并在砚周离开后告诉瑞纪，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。