因为兴趣而开始当英雄的男人——埼玉。在那之前，有一天他在找工作，从凑巧遇到的怪人手中救下了一个小孩，因此从小就梦想成为英雄的他，开始进行特训，三年后他拥有了无敌的强大力量，遇到任何敌人都能一拳击倒。可是，变成他所憧憬的英雄，原本应该每天都过得很充实的他，却因为太过强大，常常只要一拳就结束了战斗，这种情况不断地重复，对于自己绝对强大的力量，他渐渐地产生了一种空虚感。

Z市涌进大群凶恶的蚊子，它们会把猎物的血吸乾变成木乃伊，操控蚊群的是来自於神祕组织“进化之家”的怪人“蚊少女”。而这时，出现了一个男人跟蚊少女对抗，他是一个正义的生化人，为了与邪恶战斗，而自己将身体变成了机械，结果却陷入了性命之危，被碰巧经过的埼玉救回一命。

埼玉与杰诺斯为了反过来将“进化之家”的刺客解决掉，而从其中一名刺客“装甲猩猩”的口中问出他们组织的相关情报。进化之家的创始人吉纳斯博士，拥有危险的思想，想要以人力让人类进化，他想要研究埼玉强韧的身体，并加以利用。为了阻企他的企图，埼玉二人靠着双腿前往敌人的根据地。另一方面，接到装甲猩猩的通知，吉纳斯博士为了迎击他们二人，打算释放进化之家的终极武器。那就是太过凶暴，连吉纳斯本身也无法控制的，史上最凶悍的恶魔“阿修罗独角仙”。

自称为桃源团的一群恐怖分子出现在F市，成员都是光头，而率领这一群奇形怪状的人，是穿著战斗服的巨汉“槌头”。他的理念是“绝对不想工作”，他的目标是率领那些跟他的想法有共呜的年轻人，实现他们的理想世界，就是让想要工作的人养不工作的人。

因为兴趣而开始当英雄也已经3年了，埼玉知道自己的知名度太低后，决定以职业英雄的身分公开活动。埼玉与杰诺斯一起前去参加英雄检定的测试会场，在体力测试方屡次刷新记录，但笔试却出现毁坏性的成绩，总结勉强及格。於是成为最低等级的英雄，重新开始。

成为职业英雄第五天，埼玉没什麼特别能做的事，在自己家里打混渡日，但杰诺斯却告诉他一个震憾的事实。C级英雄有基本工作量，每周都要有一次活动报告，如果没有完成，就会从英雄名册上除名。埼玉匆匆忙忙地赶到街上，到处寻找案件，但也没那麼刚好就有怪人出现，时限一步步的逼近了。埼玉心情烦躁，视他为对手的音速的索尼克却突然出现在他面前，向他提出挑战。情况变得越来越难处理，而索尼克却让情况变得更加恶化，这让埼玉十分焦躁。

Z市遇到了灾害等级龙级的危机，从宇宙飞来的巨大陨石突然开始朝著Z市落下。英雄协会虽然请求S级的英雄们前去应付，但面对陨石他们也是束手无策，情况令人感到绝望。杰诺斯也被召集前往英雄协会分部，但那里的职员全都已经去避难了，大楼只剩下一个空壳。同样也来到那里的S级英雄银牙告诉杰诺斯，再这样下去陨石将撞击地面，毁灭Z市。杰诺斯为了守护恩师埼玉所居住的城市，决定竭尽一己之力对抗巨大陨石。

J市海边有一群自称是深海族的怪人上岸，开始往地面上侵袭。A级英雄莿枪侠在激烈战斗之後，把它们歼灭了，但却被之後到来的深海王一拳击杀。埼玉跟杰诺斯看到新闻报导之後，急忙赶往J市，可是他们不但一直无法确定深海王在哪里，二人还意外的分散了。在那当中，挡在深海王前面的是一名身穿囚服的巨汉，以及应该还在服刑的音速的索尼克。另一方面，C级英雄无照骑士也骑著爱车正义号，拼命地赶往现场。

受到深海王的袭击，灾害避难所里陷入一片恐惧，这时杰诺斯独自一人出现了。他那与深海王战得难分高下的英姿，让避难所的人们感到兴奋激动，但杰诺斯为了保护一个孩子，而被深海王所喷出的溶液击中，形势一举恶化。就在深海王要给杰诺斯无情的最後一击时，另一位英雄出现了，但那是无照骑士。身为C级英雄的无照骑士，跟深海王的实力相差太大，使得人们感到很失落。但即使如此，无照骑士仍是勇敢地前去与深海王对抗。

S级英雄们突然接到紧急召唤。埼玉与杰诺斯刚好前去拜托银牙的道馆，也跟银牙一同前去。来到位于A市的英雄协会总部，各个杰出的S级英雄都已经集结于会议室 。而在他们面前，英雄协会的干部开口了，说预言百分之百会命中的先知席芭芭瓦，在预言半年以内“地球有难了”之后，就过世了。正当会议室里的气氛紧张的时候，总部的大楼发出巨大声响并剧烈震动，四周被黑暗所包围。不久，切换到紧急电源之后，在会议室等待着他们的是，刚刚那一瞬间A市已近乎完全毁灭的这个事实。

战斗员梅尔萨加德，从飞到A市上空的巨大太空船当中，降落到地面，并一脚踢开了A级英雄居全铁。原子武士、金属球棒、银牙，与水嫩嫩囚犯等S级英雄前去应战，但梅尔萨加德的肉体，受到攻击也会立刻再长出来，无法对他造成致命的伤害，他们陷入了苦战。另一方面，埼玉一个人进入大太空船内部，横扫敌军破坏船舰内部，同时朝着中枢部位走过去。敌方干部格流刚许普，对埼玉的暴行感到愤怒，他为了扭转这个局面，决定再次轰炸地面。城市瞬间被毁，这种恶梦般的惨剧再度威胁着A市。

战栗的龙卷藉著强大的超能力，将敌人的轰炸全都反弹回去。激战之后，原子武士等人发现强敌梅尔萨加德的弱点，地面上的情况渐渐地开著收尾。然而，当全世界屏气凝神抬头往上看着太空船时，在太空船内部，埼主正在跟黑暗盗贼团“黑暗物质”的头目波罗斯对峙。太过强大的波罗斯，为了寻求能与他势均力敌的对手，千里迢迢地来到地球。对面这个可以称得上是宿命对手的敌人，埼玉这次可以认真以待了吗？事关人类存亡的一场鏖战，终于燃起了战火。