住在建造于巨穴“阿比斯”边缘的城镇“奥斯”的少女见习探窟家·莉可。一天，孤儿院的少年伙伴·那多在探窟中被巨大的蛇形生物“血口巨蛇”袭击时而遇难。莉可灵机一动吸引它注意，但这次轮到自己被血口巨蛇袭击了。在穷途末路的那一瞬间，突然周围被闪光和轰鸣所包围…。

夜晚，在莉可的房间聚集的孩子们，推测着雷格是否来自阿比斯之底。西吉整理的发掘的遗物图鉴“遗物录”中，哪都没有记载着像雷格那样的遗物。他或许是阿比斯史上最有价值的遗物之一“奈落的至宝”。如果雷格被大人们发现的话，“会被夺走并分解掉”担心的孩子们决定实行某个作战，但…。

莱莎在持有的信上写着“我在阿比斯之底等你”的信息。莉可确信这是莱莎寄给自己的信，于是向伙伴们坦白想要前往阿比斯之底。但是，却与忠告会变成再也回不来的旅程的那多吵起了架…。此时，雷格来孤儿院后第一次去探窟。重新潜入阿比斯的雷格会…。

莉可醒来时，眼前就出现了雷格的睡相和铺满绳索的手臂。从“奥斯”启程的两人到达深界一层“阿比斯深渊”，有常常警戒周围的必要。“照这个速度的话能前往奈落之底的！”眼睛放光的莉可，肚子饿了。于是吃起了特制的莉可汤，此时雷格突然想起了装进口袋里的信封。那里写着的文字是…。

莉可和雷格到达深界二层“诱惑之森”。想起西吉的话，赤笛就这样下去的话就是自寻死路，并且进退两难。甩开追兵后安心的两人走在天雾树的叶子群生的森林时，听到远处传来的人声。慌忙地前往传来呼救声的地方后，发现那里有一只巨大的鸟类生物和倒在旁边的探窟家…。

来迎接好不容易来到“监视基地”的莉可和雷格的，是不动卿“不动如山的奥森”。从哈勃尔库的话中，她是现役的白笛，并曾经和莱莎一起把在阿比斯深层出生的莉可运往地上。莉可对救命恩人道谢，然而奥森却用令人害怕的表情开始笑…。然后，两人与奥森的首席弟子“马璐璐库”度过一晚上。莉可在深夜时醒来后…。

与莉可他们道别，回到了奥斯城镇的哈勃尔库，向那多和西吉说起有关在白笛之中拥有无双之怪力的“不动卿”奥森的话题。不过，哈勃尔库对奥森感到了某种不安…。另一方面，莉可他们在奥森的房间里与一个四方形的白箱对峙。对猜测着“这不就是传言自己被放进去的‘除咒之笼’？”的莉可，奥森说出了真相…。

被奥森布置新的启程训练“生存训练”。被告知要靠有限的装备在十天内活下去的莉可和雷格，首先为了确保饮用水而开始行动。马上发现了干净的水的莉可，一靠近水面突然摇动起来……。另一方面，奥森与“深渊盗贼”一同在远处观察其状况。看见莉可和雷格的样子，怀念起了…。

莉可和雷格与奥森和马璐璐库他们道别后，费尽周折来到深界三层“大断层”。大断层正如其名有着巨大的垂直岩壁，据说其高度超过4000米。奥森教他们利用竖洞向下走，而在两人面前却出现了各种阿比斯的生物。就如往常那样依赖雷格的力量前进，然后突然听到了耳熟的某种声音…。

莉可和雷格到达深界四层。那里是个长者被称为“巨人之杯”的巨大植物、覆盖着天台蔓冒出的热气的世界。雷格在警戒着周围时，忽然感觉到可疑的气息。虽然似乎是能理解话语的反应，但由于完全掌握不到位置，所以两人想着离开那个地方比较好。在强烈的湿气中行进时，眼前突然…。

由于穿弹兽的毒和深界四层的上升负荷导致莉可陷入了濒死状态。净是惊慌失措、嚎啕大哭的雷格面前，自称“生骸”的不可思议的生物，娜娜奇出现了。到达藏身处，虽然抱有怀疑但却毫无他法的雷格，只好拜托娜娜奇照顾莉可。手法熟练地处理着的娜娜奇虽然看到了全部经过，但…。

在奥斯的街道上，期待着庆祝生日的奇尤依因发高烧而做噩梦。“在生日死去的病”的传说正在流传，吉鲁欧去拜托寻访各国的“商团船队”的药师。与奇尤依一起离开奥斯，前往商团的诊疗所…。另一方面，洗衣服回来的雷格看见米蒂在睡着的莉可上面蠢蠢欲动后，惊慌失措起来。但是娜娜奇却…。

看见雷格的火葬炮后拜托“替我杀了米蒂”的娜娜奇，回想起了小的时候。以前，在极北之地“赛雷尼”过着捡垃圾的生活的娜娜奇，若能继续同样过着地底一样的生活的话，更想去真正的地底“阿比斯”。在那样的一天，“阿比斯”的探窟家来到这里并开始在孩子们面前演说。那个探窟家是白笛“波多尔多”。为了解开阿比斯之迷而招募自愿者…。