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结人与那歧,两人士气高昂地迎来入伍怪伐队的日子。另一方面,重经常梦到奇怪的梦境。入伍没多久,街道上出现了怪异,年幼的少女暴露在危险之中;此时被命令带机的结人。
镜花小队与赛特小队,举办迎新共同特训会,此时,不知为何重对结人猛烈攻击。结束特训没多久,下达了出动命令;根据直见的超脑力,预知到重即将面玲危机的未来。
执行任务途中,胸口被击中的直见发生了变化。因此产生动摇的结人和重,在尚未得到喘息前又被下达了出击的任务。然而在现场迎面而来的是,令人意外的场面。
不分缘由,结人一行人与同伴们之间突然打了起来。其中,那岐做出了许多奇妙的举动。结人和重,被突如其来的异空间吸入,眼前出现的是异样的景象。
苏芳市区的超脑网络断线,怪异横行于街道,国家呈现混乱状态;其叛乱首谋卡连,对新日向国民说明他叛乱的理由。结人接受命令,出发保护身为评议会议长的父亲条,被卷入了最糟的事态。
镜花小队的重一行人,在荒废的岐高速运输公路上醒来;但,场景似乎有些奇怪。重,从某个人口中,解开了至今发生的不明事件,并得知了令人震惊的事实。
结人感到身体有所异状,因此到怪伐军医院检查;在那里发现行踪不明的那歧。一伙人追着那歧,来到怪伐军医院旧馆,那里是过去与结人有缘的场所。
结人试着说服那歧一起回去,此时,发生了令人难以预料的事。结人从吹雪口中得知旧怪伐军医院的秘密;另一方面,重为了见到直见,而前往怪异特异生命研究设施。
结人一行人正在执行搜寻怪罚军逃脱兵的任务,此时,他们一同抵达特异生命研究设施。再次重逢的重和结人,两人的立场早已大不相同。
结人一行人为了得到那岐记忆数据,再次来到旧怪伐军医院。另一方面,科学证明了结人与岐之门的关联性,重再次意识到50年后的结人所说的话是事实。重犹豫不知道下一步该怎么走。此时,镜花提出了个建议。
为了知道救怪伐军医院的秘密,结人被迫成为反叛者。另一方面,重为了救直见,另寻其他方法。身处两地的人马,同时烦恼着,是否前往信仰月球的宗教自治区渡月。最终,两人在渡月会遇见什么呢?
在渡月,结人小队得到新日向建国及岐之门等相关冲击情报,大家都对于这难以置信的情报感到疑惑。另一方面,重在朦胧的意识中,回想起自己的身世;同时,也想起幼时爱慕着母亲的记忆。
结人小队的脑,险些被渡月的主电脑贝比夺走;重小队遇到强力追兵,进行了一场战斗。两小队许久不见,共享彼此找到的情报;然而,听到各种难以相信的事实之后,阳炎突然说出更惊人的话。
从阳炎的口中得知,断绝之带与怪异的真面目,以及为何会诞生红色系线的原因。众人理解必须阻止渡月的企图,结人和重终于拥有相同目的。
为了阻止渡月的企图,结人小队回到苏芳;然而那岐,却在苏芳等带着结人。经过一场激斗后,结人及其同伴们,终于知道两千年来皇家的使命。
界人为了达成皇家使命,及面牺牲国民性命也在所不辞。结人一行人为了公开此言论视频档案,而前往荒吐神。另一方面,重一行人正与利用从人类变成的怪异的怪伐军对抗;此时,出现了第三方势力。情势发展成三方对立了。
知道爱丽丝发生何事的卡连,为了夺走红色系线,而来到结人身边。结人小队一行人与之对战,然而卡连的力量压倒性获胜。另一方面,人民知道界人后,苏芳京开始陷入混乱。
吹雪得知卡连,为了拯救爱丽丝而发动了红色系线后,开始跟结人一行人诉说与卡连的过去。那是吹雪、卡连、爱丽斯三人的温馨回忆;也是这一切悲剧的序章。
蜉蝣承认是他杀死了玖。在与听到这件事的由伊斗的战斗中,影郎讲述了柔的结局和他无可替代的存在的真实故事。在那之后,Yuito和他的朋友们人侵了贝贝以阻止棘手的尝试。Yuito和Kasane瞥 了一眼出现在那里的人。
每个人都到达了宝贝的最深处。但是,无法从贝贝那里提取有关库纳德门的信息。Kasane 及时跳到一个人身边,以寻找除 Yuito 死亡之外的消灭 Kunadgate 的方法。
Yuito 和 Kasane 从 Wakana 那里学到了如何解开维度和消除 Kunadgate。但他们不知道这会付出巨大的代价。
Yuito 遇到 Kite 以解开最后一个维度。Yuito 在心里对 Kite 说话,Kite 为了八云的欲望而试图窃取 Yuito 的大脑。Yuito的话会到达风筝吗?
Yuito 和他的朋友们前往据信 Karen 正在睡觉的 Sumeragi 陵墓,以解开最后一个维度。那里蔓延着的,是世界上一个陌生的空间。还有出现的蒙面人。他是凯伦还是八云?
拯救爱丽丝。被这种想法支配的凯伦为了获得红弦的脑力,攻击了勇斗和卡萨内。最后的战斗从最强的超脑之人卡伦开始!
在最后一次纠缠的同时,Yuitos 试图抹去分离带。但要做到这一点,他需要将他的大脑与 Arahabaki 连接起来。被所有人寄托希望的尤伊托人,在承受着剧痛的同时,继续抵抗着世界的命运。
随着库纳德之门和遣散带的消失,已经过去了一段时间。Yuito 和 Kasane 试图走不同的道路。我对我应该开放的未来感到兴奋。