2030年的东京，一种被称为GIBIATE的疾病，已经广泛流行全球。感染者会因为年龄、性别和种族的不同，而变成不同形态的怪物（Gibia）。从江户时代穿越而来的武士：神崎千水，和忍者：真田兼六，遇见了博士的助手船田凯瑟琳，故事就此开始。第一次迎战怪兽（Gibia）的千水、兼六等人，将会发生什么？

在遇见凯瑟琳后，千水和兼六被邀请到了大家群居的营地。凯瑟琳想看看仙水的剑道水平如何，于是挑战他一同进行剑道比赛。然而突然间，营地的灯光熄灭，Gibia们发动了攻击。千水、兼六等人将如何对抗未知的Gibia？

千水一行人决定前往新的目的地。在路上，他们遇到了一种他们从未遇到过的Gibia。在这种情况下，出现了第三个穿越者，他和千水、兼六一样，从过去穿越到了未来!

在穿越时空的僧兵鬼仓雪之丞的帮助下，千水一行人成功击退了强大的Gibia：梅特奥拉，并在附近的购物中心稍作停留。千水和兼六的过往故事，以及他们的相遇情节在那里被揭开。而在前往目的地的路上，新的危机也迫在眉睫!

在遭到大量Gibia的攻击后，在千水、兼六、雪之丞和亚当的努力下，大家成功逃脱。在路上休息的时候，千水等人被一群自称是加利安斯的五人组袭击了!敌人不仅有Gibia，与人类的战斗也从此开始！

在凯瑟琳出现危机时，突然出现了一个女人。她是盟友还是敌人！？他们能在隧道里千钧一发的绝境中活下来吗？同时，千水的过去被揭开了! 他与师父之间的过往，以及二刀流的起源是...

彩爱加入了凯瑟琳等人的队伍，然而正在前往新泻的一行人发现，在半路上梅特奥拉已经出现在他们面前。千水、兼六和雪之丞在梅特奥拉的怒火中挣扎苦战，他们将如何摆脱这场危机？

为了让受伤的千水暂时修养，一行人稍作停留。但在此处，尤莉卡突然被一个Gibia刺伤。在尤莉卡被刺伤的深深悲哀中，大量的Gibia也无情地来袭...他们能摆脱这场危机吗？

雪之丞为了保护受伤的千水和凯瑟琳，独自面对Gibia的来袭......在克服了各种困难之后，一行人终于到达了目的地，可是等待他们的却是大量的Gibia!

在实验室等待一行人的是大量的Gibia。千水等人决心对抗大量的Gibia，但...吉永博士一直在研究的 Gibia疫苗到底能否完成？

加利安斯成为伙伴之后，大家一起度过了一个愉快的夜晚，但等待他们的是梅泰奥拉的攻击...吉永博士在实验室里努力完成Gibia疫苗。而他过去也终于被揭开了...

千水和兼六与发生巨大变化的吉永博士进行战斗。他们带着对至今死去的朋友的思念，拼死一搏!所有的一切都被揭开，故事的结局令人震惊...