埃尔施塔特大公国的公主菲涅，为了防止军事大国日耳曼尼亚的侵略，与两名护卫共同隐藏身份乘坐列车，前往参加在邻国威斯塔利亚举行的秘密会议。但是，众人在登上车内进行临时检查的日耳曼尼亚的宪兵面前暴露了身份，并被追得走投无路。

从日耳曼尼亚的运送机里逃出来的菲涅和伊泽塔，跨越国境回到了埃尔施塔特，但是却被日耳曼尼亚的王牌飞行员 巴斯勒上尉的编队发现了。伊泽塔为了守护菲涅，违反了祖母的吩咐，决定用魔女之力去战斗。

菲涅她们在废弃的宅邸中避难。伊泽塔为了守护埃尔施塔特便进言自己要去战斗，但菲涅不想让伊泽塔卷进来而拒绝了。在这过程中，埃尔施塔特防卫的重点柯能贝格要塞收到了即将受日耳曼尼亚军的激烈轰炸的通知。

因为伊泽塔的力量，成功击退了来攻占柯能贝格要塞的日耳曼尼亚军。但是，病入膏肓的大公鲁道夫听到胜利的消息后便驾崩。返回宫殿的菲涅与无法再说话的父亲相遇而流下眼泪。与此同时，日耳曼尼亚的皇帝奥托也收到了柯能贝格的战争报告。

伊泽塔和菲涅一同全力发誓要造就一个“大家能够选择明天的国家”。然后，迎来了菲涅的大公即位典礼。在众多国民与各国的媒体的注视下，伊泽塔乘着来福枪在空中飞翔，披露了操纵着无数把剑的魔女之力。埃尔施塔特的纯白魔女存在的消息传遍了世界。

比安卡带领近卫活跃起来了，根据地方不同而有时不能使用魔法的伊泽塔的弱点被隐藏着。埃尔施塔特击退日耳曼尼亚军，宫殿里久违的和平时间也到来了，菲涅询问着伊泽塔有没有想做的事和想去的地方。然而，听到此消息的埃尔薇拉……

与日耳曼尼亚敌对的同盟国举行的首脑会议决定在不列颠尼亚召开。菲涅在催促同盟国向大陆出兵时，伊泽塔也一同出席了会议。伊泽塔为证明自身实力，宣言要试着去破坏日耳曼尼亚新建造的航母。

击沉了航母‘龙岩’的伊泽塔，累到发烧，在贝德佛德外交馆中入睡。那时，日耳曼尼亚的的特务里克特，只身潜入埃尔施塔特境内，与在埃尔施塔特军中潜伏的间谍洛伦茨汇合。

击沉航母‘龙岩’后3个月。趁日耳曼尼亚军还没有大动作，伊泽塔去支援近邻诸国的抵抗活动。她以“埃尔施塔特的白色魔女”之名，作为日耳曼尼亚反攻势力的旗帜，声誉传遍了全世界。但是，西格察觉到了一丝不安……。

伊泽塔在与苏醒了的传说的纯白魔女佐菲的战斗中失败，仅仅在2小时后，埃尔施塔特首都兰茨布鲁克陷落。宫殿也涌进了日耳曼尼亚军，菲涅和亲信们使用着只有近卫知道的隐藏通道谋求突围。此时，柯能贝格要塞也受到了佐菲的攻击……。

首都兰茨布鲁克，被日耳曼尼亚军占领。菲涅和伊泽塔她们潜伏在阿尔卑斯山中的隐藏要塞，最终也被黑格尔中佐率领的日耳曼尼亚帝国亲卫队发现了。黑格尔为了把菲涅引出来，连同士兵人质给……。

根据背叛了日耳曼尼亚的贝格曼那里得来的情报，菲涅她们确定了目标，前往在威斯塔利亚举办的首脑会议的会场。但是，在查问时被巴斯勒发现了。那时，在日耳曼尼亚南部的卢根巴赫基地，伊泽塔的战斗也拉开了序幕。