在社交游戏《魔法少女育成计划》中，存在着几万人中只有一个人的比例成为真正的魔法少女的传闻。从小就憧憬着魔法少女的初中生，姫河小雪也是玩家之一。一天，像往常一样正玩着游戏时，吉祥物角色法布突然与小雪对话，并告知了被选为真正的魔法少女。

一周剥夺一个魔法糖获得数少的人的魔法少女的资格。魔法少女们对法布突然的发表掩饰不住动摇。波纹·细波华乃与自称“伙伴”的最高速共同拼命寻找有需要帮助的人。在此之中，只有只在梦中活跃的眠眠过得我行我素。然后，终于公布了第一个淘汰者。

总算避免了淘汰，与魔法少女们奔走时，修女娜娜偶然发现了法布与库兰贝莉的聊天记录。根据其聊天内容，对淘汰的魔法少女的处理结果变得明了。魔法少女们的不安和动摇正扩大时，法布加入了游戏系统版本更新的通知。

为了抢夺魔法糖果，王权和她的部下们去袭击白雪和圣少女。圣少女去奋力应战，但脆弱的糖果却被王权她们给夺走了，白雪也被击垮了。第二个淘汰者的发表时间又再次到来，穿着黑衣的第16号魔法少女登场。

修女娜娜对魔法少女们提议大家一起想和平地解决方案吧。波纹不想隐瞒着对她的那种伪善性感到的不愉快。库兰贝莉想与没有放弃继续活动的修女娜娜会面并发起联络。理解者出现而高兴的修女娜娜与维斯·寒冬牢狱一起赶赴约定的地方—。

库兰贝莉突然来挑战圣少女。圣少女不知道意图就这样接受挑战。数日后，法布发表了第三个淘汰者和新项目的追加。灾厄玛丽对想申请组成搭档的Magicaloid44提出条件。那个条件是“去杀一个人”。

白雪失去了唯一的理解者而伤心欲绝，对想执拗地向自己接近的哈德格尔·爱丽丝的身影感到害怕的同时，灾厄玛丽企图与法布个别交涉并得知杀了Magicaloid44的人的名字。在混乱的状况中，泳泳她们也决定了进行某个作战。

为寻求同志而来访问的修女娜娜和寒冬牢狱受到泳泳她们的奇袭。寒冬牢狱为了保护修女娜娜而应战。另一方面，波纹和最高速被灾厄玛丽叫了出来。波纹从最高速那里听到她的身世。但是何人的枪在瞄准着以她们定下目标。

为了挑衅波纹，灾厄玛丽无差别地爆破国道上的车使其燃烧起来。目睹了那个光景，波纹怒气冲天。为了救出被卷进这个悲剧的人们白雪和哈德格尔·爱丽丝赶去现场。在火焰、枪声与悲鸣交错之中，其他人也虎视眈眈并瞄准着猎物。

在出现多名牺牲者的国道的惨剧数日后，白雪和哈德格尔·爱丽丝为了互相弥补失去的东西而让心相通。淘汰者的通知与规则变更一同被发表。那是要把剩余人数减少至4人。知道游戏还没结束的魔法少女们各自采取了行动。

泳泳决定以库兰贝莉为下一个目标，开始实行引出库兰贝莉后急袭的作战。但是库兰贝莉却是最强最凶的魔法少女。另一方面，波纹决定报最高速的仇，把白雪叫出来，希望白雪告诉她泳泳的情报。

白雪拼命地劝说也没用，波纹前往与泳泳赌上性命的战斗。小雪对到最后也不能为相互杀死的魔法少女们做点什么的自己的无能而感到绝望。已经无法成为魔法少女了，对着这样抱怨的小雪，法布开始说起“魔法少女育成计划”的真正目的。