今天是爱丝卡第一天上班的日子，被克洛涅唤醒的她前往柯尔赛分部，她将在那里的开发班担任炼金术师，而和她一同工作的还有从中央派来的罗吉。为开发班准备的炼金釜罗吉并不会使用，和爱丝卡不一样的是他并没有接触过传统的炼金术，而开发班的便民工作也让他非常吃惊，两人第一份工作便是修理好苹果园的风车。

玛利翁带给爱丝卡和罗吉的新任务是配送水源，但配送用的热气球却出现了故障，处于柯尔赛特正北边村子的水源变得混浊，为了让人们早日摆脱烦恼爱丝卡积极的想着办法。在卡朵拉小店找到净化配方的爱丝卡还缺少苦叶作为原料，在杜克的提示下两人前往遗迹寻找苦叶，在那里他们遇到了药师妮欧和自称大魔法师的威尔贝尔。

净化了水源的爱丝卡等人受到了村民的爱戴，但他们并没有从根本上解决问题，知道这些的爱丝卡准备调查水的源头。来到水源遗迹的爱丝卡等人遇到了宝物猎人雷法和冒险家哈利，还有禁止外人破坏遗迹的考古学家西蕾雅，在调查时他们被炼金术的人偶攻击，在交战中罗吉遇到了危险，而琳卡和亚文在这时赶了过来。

妮欧和微尔贝尔在村子里暂时定居了下来，帮忙打扫完她们寄居的仓库后爱丝卡帮忙置办家具，而大家对于爱丝卡那条会动的尾巴非常好奇。爱丝卡的尾巴是母亲留下的遗物，不光会动还连接着感觉，卡朵拉从爱丝卡的尾巴中看到了商机，想要回忆起母亲的爱丝卡决定炼成尾巴，但她炼成的尾巴加入微尔贝尔的魔法后引起了大麻烦。

开发班来了新的成员露希儿，一听到自己成为前辈后爱丝卡便非常兴奋，热心的教导露希儿熟悉各种工作，而露希儿的优秀干练却超出了他们的想象。中央传来了制作预防流行病药的委托，为了帮助他人而学习医术的露希儿自动请缨，但想要独自胜任的她遇到了瓶颈。在爱丝卡和罗吉的开导下露希儿明白了过来，在众人的配合下配方终于开发了出来。

成为了支部炼金师的爱丝卡让父亲非常骄傲，这次克洛涅和父亲私下拜托爱丽丝做出可以增加苹果园收成的配方。来到苹果园的众人看到了满地的弃果，虽然丢掉非常可惜，但又涩又酸的苹果不适合食用，听到爱丝卡想法的杜克准备在举办大胃王比赛的同时举办甜点制作大赛，大家为了比赛而各自忙碌了起来。

最近发生的一连串事情让琳卡感觉非常莫名其妙，大家也觉的自己所见的琳卡与平常的大为不同，威尔贝尔的愤怒、卡朵拉的指正以及中央新来检查官米契的警告都让琳卡感到迷茫，听到大家的描述后玛利翁和琳卡恍然大悟原来“琳卡”来了。在街上大家看到了三个长的一模一样的琳卡，而在这背后有着很深的渊源。

工作计划的结束迎来了难得的休息日，而威尔贝尔的到来阻止了玛利翁睡成烂泥的打算，大家将一起前往西部的荒野寻找神秘的温泉。温泉中出现的是精灵“火之王”，与它签订契约便是威尔贝尔此行的真正目的，但“火之王”却显示出了对人类的极度憎恶，而这一切都是因为祭坛上的火焰被盗。

爱丝卡和罗吉陪同西蕾雅前往遗迹调查时发现了未知的壁画和一本笔记，而留下这本笔记的正是西蕾雅的叔叔，而上面所记录的与大家所认知的有所不同，之前时代的人类灭亡依然存在着谜团。为了调查西蕾雅委托爱丝卡他们前往未知的遗迹调查，但支部长却接到了中央的命令，他们在调查未知遗迹中只能担当开路的任务，这一切让爱丝卡的梦想瞬间破灭。

罗吉众人为了如何前往未知遗迹而聚集在一起进行讨论，最终大家同意了亚文提议的乘坐飞行船前往未知遗迹。随后罗吉与爱丝卡参观了制造飞行船的房间，罗吉在看了未完成的飞行船后，提出了飞行船框架强度与引擎的问题。为了能够让飞行船顺利起飞，罗吉和爱丝卡不断地进行研究。在罗吉与爱丝卡的努力之下飞行船能够顺利起飞吗？

乘坐飞行器的罗吉等人在一番艰辛之后终于到达遗迹，进入遗迹的众人遇到自称芙拉梅乌的女孩，芙拉梅乌告诉众人自己是为了遵守约定守护梦想并罗吉等人发起了攻击。面对芙拉梅乌的攻击罗吉等人迅速逃回飞行器，罗吉和爱丝卡总觉得对芙拉梅乌十分熟悉，在了调查之后罗吉等人找到了画板上的克罗涅，克罗涅又会告诉大家怎样的真相呢？

为了解救芙拉梅乌罗吉等人再次乘坐飞行器进入了遗迹，而为了让大地重生的芙拉梅乌在听了爱丝卡的话后对罗吉等人发起攻击，面对宣称不需要人类的芙拉梅乌罗吉等人只好应战。最终被解救出的芙拉梅乌在看到克罗涅后，终于想起了关于自己的一切。克罗涅告诉芙拉梅乌现在的状况后芙拉梅乌也终于想起了自己的约定。