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男子在碎裂的世界中醒来。看到少女尸体的那名男子,是一名神探,名为酒井户。他想起自己必须得找到杀了少女的犯人。
被称为“开洞”的连续杀人犯富久田,带着新人外务分析官本堂町逃离了现场。另一方面,名为约翰·沃克的奇妙男子出现在了酒井户的面前。
连续炸弹魔“烟花师”将大楼与烟花一起引爆。潜入那口井的酒井户,在被巨大瀑布围绕的塔上,受到了神秘敌人单方面的狙击。
杀人魔“掘墓人”将被害者活埋,然后将其放在网上直播。酒井户潜入井后,他面前出现了烧焦的尸体和燃烧的大楼。
本堂町在案发现场找到了数田遥,并开始怀疑他是不是真正的“掘墓人”。酒井户潜入数田的井后,以极快的速度在下落,并发现了一户别墅。
本堂町将“掘墓人”的执行犯数田,以及在背后推动他的真正犯人逼入绝境。而井户端的工作人员正在推理让杀人魔产生的约翰·沃克的真实身份。
从过去的事发现场采集了连续杀人犯单挑以及鸣瓢的思念粒子。于是本堂町潜入了鸣瓢的井中,并看到了因雷击而四处逃窜的人们。
为了救出无法从井中回来的本堂町,鸣瓢和富久田组成搭档,潜入了百贵室长的井中。两人醒来后,眼前是一片广阔的沙漠。
酒井户在与富久田约好10分钟后抽出后进入了井中井,恢复了鸣瓢的记忆,并且回到了女儿被单挑杀害之前。
鸣瓢在井中井内为了让飞鸟井木记梦中不再出现杀人魔和寻找约翰·沃克的身份开始一一寻找他之前进入过的井的主人,在寻找开洞时遇到了本堂町。
鸣瓢秋人进入井中时,罔象女还未被开发出来,此时井中的佳爱琉,也就是现实中的飞鸟井木记,已经在接受白驹二四男的实验。
以开洞事件为契机,小春展现出了作为侦探惊人的才能,但是这种转变的原因一直不清楚。原来,脑袋被开洞后,人看待世界的方式会发生变化的。
世界开始崩溃,梦里所有的人都将死亡。里井户,也就是早濑浦局长屹立在世界之巅,嘲笑崩溃四散,苍惶逃脱的众人。找回记忆的酒井户与圣井户决定打败里井户,将其正首,让本该受到惩罚的人受到应受的惩罚。