在某个初夏的日子，有个人来到两仪式的家中。他叫黑桐干也，每天都会固定带慰劳品来给一人独居的式，虽然式觉得很困扰，但她还是开门让黑桐进来。就在同一段时间，发生了一连串的少女跳楼自杀事件。案发现场都是已化为废墟的建筑物，而过去曾经是这座城市之象征的巫条大楼…顶楼也出现一名浮游少女。这些自杀的少女，不论是就读的学校或家境都不相同，彼此也都不认识，完全找不到他们要自杀的原因以及任何关联性。这究竟是意外还是人为事件？当媒体大肆报导着这几起事件时，有个人发现了唯一而且是绝对的共通性。那个人就是苍崎橙子，她是住在一个被称为“伽蓝之堂”处所的人偶师。自杀案件已经发生了第五起。因为被橙子的人偶所吸引，黑桐开始以助手的身分帮忙橙子工作。没想到黑桐却迷恋上孤独的“她”，最后甚至陷入昏迷。另一方面，拥有能够看出生物破绽与死线之超能力“直死之魔眼”的式，因为很久没看到黑桐而很不开心。当式来到巫条大楼时…在那里等待着的居然是“她”，式为了切断对方的死线而陷入苦战，最后甚至牺牲了自己的义肢。虽然橙子对式的这种行为感到无法理解，但她仍替式换上了新义肢。不久，式再次与“她”陷入对峙，式的态度虽然相当冷静且大胆，但内心其实充满了愤怒。就这样，式为了黑桐，以及为了自己对黑桐的那份情感，手持尖刀往前奔去。“她”的名字叫巫条雾绘，拥有能够四处浮游的自己，以及另一个只能望着窗外的自己，是个悲惨的“双重存在”。橙子到医院探望雾绘之后才发现，原来有人给了她第二个身体。但是，目前仍不知道对方目的为何……

1995年，在即将升上高中前的某个雪夜。黑桐干也看到一名没有撑伞，穿着和服的少女。春天到了，干也在开学典礼又遇到这名少女…两仪式。虽然式总是一个人独处，但干也仍毫不为意地跟她打招呼，最后两人变成午休时会一起到屋顶度过的朋友，干也甚至还直呼她的名字“式”（式也希望干也这麼叫她）。当暑假即将结束之际，街上悄悄地发生了恐怖的杀人事件。某天晚上，式一如往常地漫步于街头，没想到却看到一具遭到惨杀的尸体。此时，她突然对这种鲜艳的血红色产生兴趣，忍不住伸出手指沾了一下，替自己画上这辈子第一次的口红。秋天，在看似平静的时光中，式与黑桐也缓缓地建立着两人的关系。就在某日，黑桐发现有人把一封信偷偷放进他的抽屉，寄信者是两仪式，一封由式的另一个人格“织”所写的信。织在信里写道，她天生就有“式”跟“织”这两种人格。由于织对黑桐产生兴趣，她为了前来见黑桐而把式压抑住，两人的语气与表情都完全不同，织称呼黑桐为“KOKUTO”，并露出灿烂的笑容。……即使知道了这个事实，黑桐仍深深被式吸引到无法自拔。另一方面，干也的现役警察表哥‧秋巳大辅负责调查这起杀人案，他将案情告诉了干也：那就是，案件数量不断增加；那就是，每次犯案都会把尸体切断，而且手法越来越熟练；那就是，其中并不存在著动机或法则；同时，在杀人现场拾获干也所就读高中的校章。冬天到了，在某个放学后的傍晚，黑桐正听着某人对他的表白。织将式的挣扎告诉了干也，式从一出生就存在着两种人格，虽然表面孤立但其实却不孤单，同时她也常常会对自己人产生破坏的冲动。再这样下去，式将会简磏揪卤惆謘A试图成为真正的自己…也就是甚至有可能会杀了黑桐。干也听了这番话之后更加迷恋式，他在此刻也终于发现自己的真正心意。第六起杀人事件发生了，来到两仪家的黑桐看到浑身是血的式，站在尸体旁露出着笑容（但是他还是深信着式）。黑桐最后下定决心，要永远守护式。式虽然对于黑桐这种毫无防备的信赖感到不悦，但这样仍无法撼动黑桐的决心。他今天也独自来到两仪家，为了式而伫立于冬天的天空下。───真相究竟存在于何处？答案将在两年后出现。

“我，明明并不想杀人的——”“你，并不是那样的啊。”看到的瞬间注意到了。不，应该说是看到了。确信是敌人、或者不是而这样充满犹豫否定。并不知道，存在于那里的是所谓自己的境界，却就这样跨越了。在不断被反复的凌辱中，少女只是投出她那无机质的视线而已。让我们假设人的脑内有无数的频道，认定有一个为了适应现实生活而作为最大公约数的频道，那么恐怕大多数的人类都通过这样一个频道去注视这个世界、认知这个世界，所以才能达到共存。但是，却有无论如何都无法与大家保持共存的异常频道，如果那样的频道存在的话——那已经是非人了，不，或许应该称之为“存在不适合者”。并不是说所谓的不适合社会，而意为其存在本身就不适合。或许这样应该称为“超能力者”才更为适合吧。然后这是某一晚发生的事情。在饮酒会归来的下雨之夜，无论怎么看起来都很普通，却有能找到罕见东西才能的黑桐干也，在黑暗中拣到了一位孤身一人的少女。关于“这个能力”，在自己并未注意到所想要寻找的对象时，在寻找之前便会出现……而关于这个事实他本人并不知道。行踪不明的后辈。无法相遇的妹妹与他的友人。别说手足了，连头部都无法保持完整的，因切割而惨死的尸体在今天又增加了一个。当各自只顾自己的方便而行事的话，最终只会到达一个结局——死斗。夏天下雨之夜，瞳孔中映出能将全部都歪曲破坏的少女，与瞳孔中能看见全部之死线的少女，双方充满杀意的对峙。

“我……杀了弱小的自己。”“才不会让给你————————两仪式”意外事故以来，两年。持续昏睡中的两仪式，一直都触摸着“死”，同时也畏惧着。“死”终于觉醒了。但是等待着她的是，饱含深深孤独与绝望的景色。所失去的是一直在同一容器中，常在一起的碎片“织”。得到的是能直视万物死之线的异形之力“直死之魔眼”。带着连两仪家都所不知的，为了能到达报复养育式这一存在的结果。很喜欢做梦，织。抱着深深的杀人冲动，织。已经哪都不在了。即使因无法言喻的丧失感与死的感触使少女变的空空如也。即使察觉到对于灵体来说，这样的容器是他们所追求的最高目标——。有一位少年想要守护这样的少女。不，应该称为青年了。其名叫黑桐干也。他的上司玲珑是位非常美丽的人偶操纵魔术师，不过如今只是工房“伽蓝的堂”的老板。其名曰苍崎澄子。某天，澄子想和式见面。以什么名义去见她呢？姑且以生活指导员的名义吧。为什么想去见她？那是缘分。一见，时间缓缓流逝。但是终于迎来了结束。某夜，为了空空如也的容器，灵体为了肉体来袭击了。刹那，少女眼中映现出的是能抓住死之凶煞静谧的线。握在手中的是小刀。闪耀的瞳孔。如此少女决意自身的四肢迈出第一步。

“荒耶，在渴求着什么？”“——真正的睿智。”“荒耶，在哪渴求？”“——只是，在自己体内。”那个男人经历了悠久的时间，作为万物的灵长对人类的营生感到绝望，为了看到那个临终，开始渴望着，渴望着，渴望着，渴望着万物的开始与终焉之“根源”。此男人名曰荒耶宗莲。过去，有一位与他截然不同的异国学者是他的竞敌。其名曰苍崎橙子。那是一位获得三原色中赤红之称号的魔术师，接受封印指定的最高位人偶师。总有一天会在某处相会是他们的宿命。这一场所，之所以会很讽刺地建造在与他自己也有关联的“螺旋之地”，同时也是橙子所居住的城市里，是因为受了妨碍一切试图到达根源之存在的“抑止力”的影响一事，任何人都无从得知。抑止力——其一是作为灵长的人类为了能在吾世继续生存，是任意无愿望无意识的集合体。其二是人的构造活动等，在这地球上生活延续下去的生存本能。结果，无论其中哪一点在起作用，引起了两件不可解的事件，从无限延续的日常生活中出轨的存在，其名为……从两仪家生下来开始就无法应付得了其力量的身体，两仪式。看见其肉体未知的门扉，荒耶宗莲。注意到他的企图，苍崎橙子。不断被意料之外的事件所翻弄，抱着无法表述的情感，黑桐干也。……之后与式相逢并被吸引的胭条巴。他们的遭遇，是偶然还是必然。“称之为偶然是神秘的隐语。为了隐藏无法得知的法则所以就有了偶然性这一单词。”正如橙子所说的，谁都不知道，却正渐渐显现出道路的去向，各自开始前进。

那是一起由妖精引发的事件。也是因强烈的思念或愿望而导致──。不论是什么样的任务，几乎没有什么不可能或办不到的“伽蓝之堂”，在此时接到一份委托。这份委托被交给黑桐干也的妹妹鲜花处理，内容则是发生在她所就读的礼园女学院中的一起令人难以理解之事件。据说，犯人是个妖精。最后鲜花因为她不服输的个性，导致师父苍崎橙子命令她以“修行”为名，前往正在放寒假的闲静校园内进行调查。然而让鲜花最不甘心的是，由于她并不具备看到妖精的能力，橙子替她准备的“秘密武器”竟是──她所憎恨的情敌（？）两仪式。位于正中央的是，一名女学生。与事件有所关联的是，一位有着跟哥哥相似气氛的老师。对他怀有好感的是，一个高尚的学姐。已经失去的是，虽不起眼但却很重要的回忆。延迟发动的是，收集死亡之魔术师所遗留下的礼物。最悲哀的则是，名为妖精的傀儡愚者。少女们为了自己的思念与回忆，试图以无力虚渺的利齿对抗眼前的那个人。为了自己所相信的世界。

她这么说过。她说人一辈子只敢杀一个人。我这么说过。我说人一辈子只能够背负一人份的死。那是发生在1999年2月1日的事。虽然街上的人们都因为连续杀人事件而感到畏惧，但黑桐干也与两仪式仍旧过着一如往常的日子。至少两人会对彼此露出微笑。但是，时间回溯到10天前。当看到电视开始报导“三年前的杀人魔是否又出现了？”这样的消息后，式开始紧绷了起来。接着，再回溯到三年前的冬天。他们两人当时就读高中一年级，式的体内还存在著一个自称“自己是杀人凶手”的另一个人格“织”。再继续回溯到四年前的夏天。干也遇见了式──她喜欢在宁静夜晚时，徘徊于因杀人魔出没而化为屠杀战场的街头。即使如此，两人仍感到相当平凡安稳，用老掉牙的说法就是“很幸福”──至少到这一天为止都是如此。然而，随着遭到屠杀人数的增加，这场杀戮也唤醒了过去的记忆，原本一直被压抑住的那份怀疑也浮现了出来。所以，她离开了。所以，我去找她。所以，她徘徊于夜晚。所以，我抵达了。杀人魔的真实身分究竟为何？究竟是谁想当特别的存在？究竟是谁希望平凡？毁灭的人究竟是谁？究竟是谁遭到毁灭？究竟是谁设下陷阱？到手的猎物究竟是谁？最后，被自己渴望的对象抓到的是…她跟我，以及他。

1998年8月3日，适逢高温难耐的盛夏。眼前正是追逐著仓密目琉海的两仪式。“── 唷。逮到你了，爆弹魔”随后，式就被卷入了炸弹爆发案。而他，拥有了“能预见未来”的能力。同年的夏天，礼园女学院学生?濑尾静音在一场意外插曲中，遇见了黑崎干也。对这个毫无迟疑选择相信自己所说的每一句话的干也，静音萌生出淡淡的情愫，她将自己埋藏多年的烦恼向干也坦白。“我，其实能看到未来” 在那之后过了几年，依旧是一个炎炎夏日。瓶仓光溜在雇主的委托下，与雇主的女儿未那一同前往探访那位“能看见未来”的占卜师。周旋于多位主角之间，这个由众多具备预见未来能力者所创造出的舞台，即将掀开布幕。幸福（未来）、就在你（现在）的身旁。

黑桐干也偶然遇到了能看见未来的少女濑尾静音。干也和静音愉快的在冷饮点聊天时，爆弹魔事件接连发生。赶去阻止事件再次发生的两仪式发现爆弹魔仓密目琉夏也拥有着一双能看到未来的眼睛。静音的未来和目琉夏的未来，似乎殊途同归，然而却有着决定性的不同。未来福音·序，插画作家瓶仓光溜为了维持生计，在一栋废弃的大楼里开了一家信用社，频频出入这里的少女未那有一天给他带来了一份委托。光溜接受之后心情沉重，于是决定去拜访占卜师，谁知好奇心旺盛的未那竟然尾随在他身后……