来到北陆新兴都市绫凪市的神乡慎和弟弟洵。这是继双亲去世以来时隔10年的故乡。慎没有时间和年轻的警察署长哥哥谅再会，被卷入了连续发生的猎奇事件中，在生命危机中发现了隐藏着的Persona能力。新的persona的故事，现在打开了那个幕——。

慎转入了凪的杜学园高等部，与同班同学榊叶拓朗、茅野惠、守本叶鸣相遇。在学园和街上的年轻人之间，被称为“除影仪式”的仪式很流行，好奇心旺盛的拓朗邀请慎忘记惠的劝告，不由得尝试了那个奇怪的仪式。慎眼前出现的是——

和同伴们一起，慎再次来到不可思议的猎奇事件现场。谅得知此事后，命令他以奇异的姿态离开街道。慎对再会以来的谅的态度不能理解，对离开生活10年间发生了的沟开始烦恼。绫凪警署的刑警伊藤出现在慎的面前，暗示谅可能与这一系列的猎奇事件有牵连。

在曾经是父母工作场所的生家的工作室，找到了回忆中的东西并慎重地看着洵。不能说平日的和蔼可亲，要说是哪边的话对天邪鬼的弟弟的可怜的态度稍微踌躇的慎。二人找到了已故双亲的最后合著绘本《鲸鱼的翅膀》，十分怀念。回家后看到谅和慎兄弟吵架的洵在半夜消失了。

得知拓朗的朋友·洛克少年·孝司下落不明的慎，想起了在谅的个人电脑中的名单上登载了这个名字。当天晚上，慎与开始采取奇怪行动的洵一起来到了海岸的LIVEHOUSE遗迹，遇到了使用PELSONA的少年濑能壮太郎，看到了被抓入其中的孝司PELSONA。

本应该来到绫凪署的一日署长，因为大雪被机场阻止了。为了举办交通安全活动，警员们为了寻找替角而四处奔走。不凑巧收到「反转事件发生」的急报，谅只身前往现场。警署长不在的绫凪警署，这次竟然收到了“诱拐事件发生”的消息。在这种非常事态发生之际，两人的半日署长是——！？

慎和伙伴们来到了黑部海岸的温泉旅馆。在茅野惠的邀请下加入了舞蹈部的前辈田坂悠美，因为受到罕人袭击而无法从后遗症中恢复过来。悠美怀抱着险些崩溃的精神，向惠传达了像妹妹一样为她着想的心情。在空虚的眼中映出的是裹着翅膀的少女的身影。

在慎们的班级，自报姓名山咲茧ri的转校生出现了。像大人那样少说话，神秘的美少女，好像和守本叶鸣有认识。但是叶鸣再次见面总觉得有些尴尬。这时，学园里发生了夜深人静的不可思议现象。慎等人惊讶于这种不认为是人的恶作剧的状况，为了解开谜团决定深夜在学校内巡逻。

从绫凪市回乡以来，对谅的尴尬变得平常而忧郁的慎，被二阶堂映子邀请去兜风。虽然兼顾了工作，但和从小就憧憬着的女性单独外出，让慎重心情一下子放晴了。映子独自调查着在富山湾断续地发生的失踪事件，那个叙述怀，让慎的意识想起绘本『鲸鱼的翅膀』的印象。

谅和洵，成为了只二人的神乡家。洵有想和谅一起去的地方，但是却说不出口。与突然来访的山咲真由美一起，兄弟俩度过了一个奇异而又不可思议的假日午后。另一方面，为了防备有事而秘密致力于修行Persona使役的拓朗和被任命为教练的惠，跟踪叶鸣的绫凪署的楢崎刑警渐渐靠近。

在校园内秘密结成了“无影小组”的学生们这样的情报的惠，跟随慎和拓朗，踏入了作为那个活动据点的空教室。竟然，小组的中心人物是叶鸣。明知是危险的游戏，却怎么也戒不掉。为了拯救开始出现严重的禁忌症状的叶鸣，慎等人决定四六点钟进行监视。

陪同洵去医院检查的慎，听说了关于10年前因事故而濒临死亡的洵救了自己的脑外科医生的事情。慎再次怀着感谢的心情，对奇迹般的手腕抱有兴趣，但据说那个人物已经去世了。那天晚上，谅和曾经参与警察秘密推进的特殊部队设立计划的男人突然重逢。

谅违背天理，继续使用着Persona，界限正在逼近。洵在上课参观的日子，谅约好了要出席，但是慎却感到不知为何有些困惑。那时，得到了新的persona潜在者名单的marevito们，在九条稀也的意思下再次打算给绫凪市带来反转事件的惨祸。被不安定的什么东西一边威胁一边也被宽恕的日常，现在，宣告结束——。

面对突然的讣告，沉浸在悲伤中的慎继续追寻着亡影和真相而彷徨着。于是季节转移到了夏天，街上许多人逐渐失去了生气……。

受到谅的失踪和《反转》事件的通知，到绫凪署赴任的参事官·真田明彦，访问慎的原来。拓朗，惠美一起作为『persona使』寻求战斗的真田。他和谅是超常精神体专任案件的特务机关员，但实际上只有上层有义务隐瞒相关事实。在双方胸怀的“断绝对Persona歪曲的研究”的目标意识下，两人秘密地共同战斗着。

虽然预期着与玛丽维特们的战斗，但是拓朗和叶组，为了提取潜在者，像他们一样利用《影子拔出》之后，无法抵御牺牲的真田等人无法释然。另外，两人胸中还分别抱着开始对自己的Persona的不安和无法抹去的不信任感。慎从对谅的想法出发，决定协助真田，不顾洵的担心，参加了ひらぎ制药的永井秘密向玛丽维特等人提出的制剂交易的阻止行动。

在八尾町惠的父母家，慎等着对洵施加急救，等待黎明的到来。面对打算只自己面临的危险的地方，受伤了的洵，慎切体会到谅打算远离自己的心情。在同一屋檐下，茅野惠与自己10年前面对面。惠不为人知的不断责备自己，对自己的persona持续抱有疑虑的理由，是那天发生了的同时多发无精力症的事故的惨祸中。

洵在自己家旁边的公园遇到了正在看《鲸鱼的翅膀》的红发少女。对自报姓名ane的那个少女，感到到现在为止对别人抱了的事没有的所想芽生，一边踌躇一边也被吸引的洵。慎注意到那个不可思议的少女，总是和白色的羽毛一起出现又消失的谜一样的存在，为了被心中的骚动所推动，跟踪了二人的「逢濑」。在那里慎看到的是……。

令人费解的失踪事件依然在富山湾及其沿岸地区断断续续发生。在无精打采的人群中，出现了希望自己也消失的人，露出了呆在海岸的样子。另一方面，消失的人们的归来也开始被确认,不过，他们同样引起了肉体和精神的不一致这样的异变。在日常平静中开始增加异样的情况下，榊叶拓朗与自称是生离死别父亲的妙龄女性相遇。

以富山湾为中心发生的一系列不可思议的事件和现象，是对人们持续玩弄无意识从大海中出现的Persona的报应。把扭曲本身的稀人们的复合persona和，到九条的研究为止的过去的开发数据全部的毁灭做为命题，慎们寻求决战的精神。那样的折叠，慎和洵度过二人的时间。

绑架了洵的稀人们利用洵的persona，打算寻求超越控制的界限的复合persona的安定。慎从曾经参与过Persona研究的柊社长那里，得知了只有谅知道的父母过去的真相。

九条被让失去的爱女复苏这一念头所打动。已经没有思想和理念，那个化为威胁无意识的大海的理念的执着。真田曾任职于秘人潜伏的研究设施，但他的最终行动却被委托给慎等人使用Persona。

叶鸣得知自己的记忆是被九条操纵的。失意中，叶鸣告别了同伴们，独自一人向大海出发。但是她所站立的地方，是铭刻着慎和小小的回忆的地方。

十年前的那一天。谁都相信到昨天为止的日常生活明天也会继续的事的冬天的下午，把绫凪市沿岸部做为中心突然发生了的同时多发事故，并且包含原因不明的地震的多重灾害。许多人一瞬间陷入无精打采的状态，城市机能瘫痪的瞬间，那个被称作爆炸中心地的地方——眺望着铅色的富山湾的海岸，小松原彩音，还有和父母一起的神乡谅。那时，在他的怀抱中的是——。

关于Persona的种种事实，以及谅所持有的真实——被接二连三地揭露无从得知的慎。与变得无精打采的人们一样，在海边抱着膝盖的慎重意识中浮现出来，也许是作为理所当然的日常生活而存在的家族的情景。那个时候，在稀人的地下设施有的有机人工体再启动，以富山湾作为目标开始移动。

谅被佩尔索娜愚弄所爱的家人的命运，并且在自己的佩尔索那夺走了自己最爱的女人的性命，他希望从佩尔索那解放人的精神。慎，窥视那样的哥哥的身姿胸痛，为了使之结束全部的悲剧和混沌，使之发现携带了剑各种各样的感情的persona—。