满月的晚上，从黑暗的洞窟中传来凄厉的叫声。在只有女人的隐蔽小村子中，被铐着脚镣长大的真鱼，吃了姥姥端出的奇怪鱼肉。寻找人鱼的少年涌太，流浪到这怪异的村子里，却被老太婆们以鱼叉猛捅至死，被丢弃于那暗无天日的洞窟，可是意外的是涌太竟复活了...并发现村里老太婆们的恐怖秘密...

与真鱼来到海边的涌太回忆起遥远的故事...当时的涌太被冲到少女阿鳞住的鸟羽岛，想把涌太漂到岸边的尸体埋葬的阿鳞原来是岛羽岛海盗头目的女儿，死而复活的涌太向阿鳞坦承，自己吃了人鱼肉之后长生不老的事情。另外逆发岛海盗头目的老婆阿砂从阿鳞的弟弟那得知涌太复活的事，认为涌太一定找到了人鱼，于是当晚便潜入阿鳞的家，刺杀了阿鳞的父亲...

阿砂杀伤了阿鳞的父亲，为了替阿鳞的父亲治伤，涌太和阿鳞航向险恶的大海寻找人鱼。终于发现了人鱼的他们，却被尾随在后的逆发众袭击。涌太被杀死，阿鳞和人鱼则被带往逆发岛。而应该已经被杀死的阿砂竟出现在阿鳞的面前。逆发众则开始了人鱼肉之宴，复活的涌太在宴会之中突然冲了进来，在混乱之时一些帮众吃了人鱼肉，不久后的他们有的死亡，其馀的则是变成怪物!?

在海边独自散步的真鱼出了车祸，她的尸体被医生椎名偷偷运到神无木家，当椎名想把真鱼的手腕切下的时候，真鱼则醒了过来。涌太追着椎名医生来到神无木家，此家族所拥有的森林传说其中埋有人鱼尸体的人鱼冢。忽然出现的登和，是个右手绑着绷带，年轻貌美却有着满头白发的女性。登和放出怪物似的狗把涌太咬死，却在赶来的椎名和佐和的面前又活了过来。恢复意识的涌太发现自己被绑在地牢里，而登和则带着失去意识的真鱼出现，表示要和能不老不死的真鱼交换身体!?

人鱼冢里有人类变成的失败品和被锁链给锁住的人鱼。涌太极力告知人鱼的肉是为一种剧毒，但是登和根本不加理会，把真鱼和涌太推入洞中，叫他们去取人鱼肉。拿到人鱼肉的登和自己不吃，却转而递给了佐和。原来60年前佐和利用登和实验人鱼肉的效果，登和在了解这一切之后发誓自己必定要报仇。她无法忍受只有佐和能像个平凡的女人一样地体验生老病死...

涌太和真鱼掉落悬崖，发现两人的大眼把还活着的真鱼带了回去，而涌太的尸体则被猎人发现。醒来后的涌太紧接寻找着真鱼，从猎人那知道了关于恐怖的大眼会吃人的事情。可是真鱼不但没被吃掉，而且还被照顾得很好。后来得知大眼也是吃了人鱼肉才变成失败品的模样，外表虽然改变了，却是一位躲在深山中隐居的善良男子..

江户时代在京都，涌太救了被和尚追杀的少女阿枣。阿枣和一个靠假人鱼跑江湖卖药的人在一起生活，看见阿枣瞬间痊愈的伤口，涌太以为发现了同伴，但是卖药的男人却加以否定。当夜，阿枣突然咬涌太的肚子，逃走的涌太遇到了和尚，从和尚中知道了阿枣适用人鱼肝施法术唤醒的尸骨，会到处找寻动物的肝脏为食，而和尚则誓言将她送到另一个世界...

涌太和真鱼遇见了从车上跳下受伤的少年七生，七生拿出随身携带的药粉服下，伤口就立刻痊愈了。七生是昨天半夜被奶奶叫起来，送进不认识大叔的车子里，半路跳车逃出来的。涌太陪七生活到家里，年轻的妈妈对药的事情避重就轻，奶奶则偷偷地责怪涌太不该把七生带回来。第二天涌太遇到了开车的大叔，决定跟踪他查明他的身分，真鱼则跟着七生回家...

真鱼在仓库里发现了装在箱子里，刚刚剥下来的人脸，七生的妈妈突然拿着斧头出现，想要杀了真鱼，受伤的真鱼带着七生逃出了仓库，七生回到房间想拿药给真鱼，却碰上刚从仓库换脸回来的妈妈，妈妈问出了真鱼藏匿的地方，吩咐七生不要动就走了。另一方面，涌太则带着受伤的老七生前往仓库，刚好在七生妈妈想对真鱼不利的时候赶到，七生的妈妈便将25年前发生在这间仓库里的事情说出，并把小七生带进仓库想完成当年没有完成的工作…

涌太带着真鱼去给60年前分开的女孩子苗扫墓，真鱼有点吃醋先行离开，碰到了一个男人欺负一个女孩子，真鱼挺身而出，却被随后赶到的两名壮汉一起抓走，随后被杀人埋尸。涌太扫完墓之后开始找真鱼，却在半路遇见60年没见的草吉，从草吉口中得知，苗还像以前一样年轻貌美的活着，于是跟着草吉去见苗...

涌太和草吉到达苗住的地方时，正好听到真鱼的求救声，涌太虽然及时阻止真鱼被杀，但他和草吉也被英二郎的手下抓住，带到一个废弃的工地。另一方面真鱼和苗则摆脱了英二郎手下的追捕，往红谷方面前进，在他们到达红谷的时候，遇到了等在那里的英二郎，在真鱼千均一发要被砍头的时候，从工地逃脱的涌吉及时赶到阻止了歹徒。60年前在红谷发生的事情逐渐明朗，失魂落魄的苗看到涌吉之后又回复了60前的记忆，可是这时候苗却...

涌太和真鱼在电车上遇到了一个千里迢迢投靠母亲的小男孩，两年之后，听到了关于冲上海岸的怪尸的事情又来到这里，又碰上了同一个小男孩。照邻居大婶的说法，涌太怀疑这个叫真人的孩子，妈妈可能吃了人鱼肉，前往调查的时候，正好碰见一个半鱼人想攻击真人，打死了半鱼人之后，涌太从它手指上的戒指知道了它是到这里帮佣的女孩雪枝，真人为什么要给雪枝人鱼肉吃呢？真人本身又是何方神圣？真人的妈妈道出了事情的原委...

真鱼被绑住关在真人的秘密基地，涌太则拖着受伤的身子遍寻不到真鱼，只好回到真人住的别墅，在那里遇到了真人，真人虽然是个小孩，仍然设下陷阱想取下涌太的人头，失败后又拿出手枪想杀了涌太，这时拼命挣脱的真鱼及时赶到，虽然阻止了涌太被杀，自己却也不支倒地。真人放弃了让真鱼陪自己的念头，又发现原来的妈妈已经死去，就放火烧了房子，自己也带着人鱼肉开车逃跑...