人类的时代结束了…2001年，世界正悄悄地遭到侵略者的侵蚀。然而，「A.E.G.I.S.网路」—由少部份志愿者所组成的地下反抗组织，隶属於此组织的成员，正在对侵略者进行最後的抵抗。五十铃绫音她是个高中生，但同时也是「A.E.G.I.S.网络」的侵略者猎人。透过行动电话及电脑，并利用本身的虚拟闸门能力狩猎入侵者。真鹤美羽虽然拥有跳跃的捍卫者能力，但是自己却完全不知道这件事的女高中生。

绫音与美羽初次见面後经过了两个月。季节即将步入初夏。认为这一阵子突然暴增的失控车事故都是侵略者搞的鬼的绫音，虽然与美羽一同进行追查侵略者的下落，但是因为美羽的侵略者狩猎技术一直提升不起来，所以每天都得靠自己孤军奋战。刚好在这个时候，盾神高中传出了校内闹鬼的谣言。当绫音与美羽在校内调整侵略者探测器的程式时，突然看到了类似幽灵的物体，两人於是跟随著到了地下室，最後竟然发现了被埋藏於地底的「A.E.G.I.S.」基地。而幽灵的真正面貌又是？

在经过与机械将军的一番死斗之後，美羽终於知道这些被消灭的侵略者其实都是人类的化身，内心因而产生极大的动摇与震撼，再加上绫音的鄙视与冷言相向，美羽於是又回复到从前的生活方式，而绫音也回到独自一人狩猎侵略者的日子。某日，美羽跟同学一起到新宿唱卡拉OK时，在店内突然遭到大批侵略者的袭击，为了脱困，美羽在情急之下只好在同学面前发动「跳跃之闸」……

为了应付近来在东京地区大量遽增的侵略者，影山找来了第三位捍卫者太刀川里香。里香所拥有的超能力是能将能源物质化的「寸断之闸」，凭藉著从闸门中取出的大刀，里香斩杀起侵略者可说是又快又狠又准，与绫音较劲的意味是格外强烈。面对已经放弃战斗的美羽，此时的绫音依然是毫不留情地冷言相向，而内心正处於挣扎状态的美羽却又总是无言以对。另一方面，融合了肉体与植物的恶魔伯爵出现了，在其强力的幻觉攻击下，急汁撰i的里香陷入了危机之中……

绫音是否能恢复意识？遭到侵略者攻击而负重伤的绫音，虽然因为A.E.G.I.S.网络及影山的努力而救回了一命，不过至今仍昏迷不醒。感到担心的美羽来到了影山公寓，并在聆听了影山的一番话後陷入了沉思。此时，幽灵少女突然出现在绫音身旁，并带走了她所收集的所有侵略者结晶，并在离开时留下了一句话：「这孩子跟我是一样的」。就在同时，都内侵略者的活动也突然跟著开始频繁了起来。幽灵少女利用夺来的结晶，在台场开启了一个巨大的负面闸门，此时出现的竟然是…？

现身於台场的漆黑巨人吸收了大量的侵略者、使自己的身躯迅速膨胀的巨人，原来是漂浮於其头顶的幽灵少女所创造出的怪物。另一方面，美羽向昏迷不醒的绫音诉说著自己的真正想法。她下定了决心，独自朝著决战场走去……雪乃为了要保护美羽她们，因而使出仅剩的力量直接挑战幽灵少女，但最後仍不敌其强大力量而倒在美羽怀中；由於侵略者的数量实在是太庞大了，使得在一旁负责掩护的影山与里香也陷入了苦战。下定决心的美羽虽然使出闸门力量，打算跳跃至漆黑巨人的头顶，但是却屡次失败，此刻也只能喟叹自己力量之薄弱而落瓷C最终时刻逐渐逼近，四周也陷入了一片寂静。就在此时，远处突然传来了一阵阵的铃铛声……伴随著复活的绫音，美羽振翅飞翔。这都是因为要去做更有趣的事！