特异灾害对策机动部二课从日本政府调职到联合国，并被重编为超常灾害对策机动部队S.O.N.G。其主要的职权是包括可能被再观测到的认定特异灾害在内，对于那些以通常的应对力难以应付的超常威胁的处理措施，然而自从对无法控制的航天飞机救助以来，便仅限作为主要为大规模灾害及事故善后的机关而发挥机能。但在某天，神秘的反应波形被检测到。在红色粒子飞舞的月下，人偶盯上了身穿黑衣的小小人影。那正是新的战斗的开端。突然喷出的火柱立刻化作火海，将周边吞噬殆尽。接受了火灾救助应援邀请的立花响，身披奇迹之形Symphogear奔赴现场……但在她的前方，与在业火中流泪的卡萝邂逅的理由，她仍无从知晓。

为了救助遭受火灾的公寓楼而出动的响，遇到了宣言毁灭世界的炼金术师卡萝。也许是由于对满溢的力量那绝对的自信，即使装备着Symphogear对卡萝步步紧逼，但没有找到战斗理由的响无法坚定地挥拳而被压倒。在暗中同时发生的怪异事件，也是炼金术师们的杰作。与自动人偶蕾亚发生冲突的克莉丝，在绝境当中保护艾尔芙娜茵。侵入演唱会场的自动人偶法拉，为了引出翼而对玛利亚发动强袭。两台自动人偶展现出与Symphogear装者匹敌的战斗力。更有甚者，根据预测本以为已经根绝的疑似Noise的存在也出现了，状况加速恶化。之后，炼金术的猛威终于露出獠牙。在谁也没预想到的事态下，翼与克莉丝的一切都破碎消散。

天羽羽斩和Ichii-Bal被炼金术的威胁所蹂躏。在放言道不会仅仅是败北而已之后，自动人偶遵从卡萝的命令，抛下失去战斗能力的人撤退了。经过融合症例达到适合者，似乎是受到从那天起便一直持续着的想法的影响，虽然应该已经得到了力量，但响在没有战斗的日子里四处奔走拯救人命的同时，也对于Symphogear的力量会伤害到别人而感到厌恶，并对其有所避讳。适合系数的不足值使用LiNKER也无法补足的调和切歌，在苦于Symphogear带来的反噬同时，救助了艾尔芙娜茵和克莉丝，并带到S.O.N.G.本部保护起来。之后，她们被告知世界的解剖计划，以及已化为碎片、被收在小盒子中的魔剑之铭。对抗战力处于绝对不足，即使如此，卡萝的下一步行动也已经间不容发地开始了。在和同学一同走在放学路上时，响遭到了袭击。希望能设法解决，却对战斗怀着恐惧的响，未能浮现出永恒之枪的圣咏。

救助了无法装备Symphogear的响的是抛弃了虚伪，披挂黑色永恒之枪的玛利亚。玛利亚为了趁此机会结果加莉而全力以赴，但在没有借助LiNKER的 情况下，由于Gear的负荷而热血沸腾，身体被毫不留情地灼烧。终于，在Gear被强制解除后，她也陷入和响同样无法战斗的状况，加莉感到无趣而抛下她们 离开了。因害怕而逃避的响，将目光背离战斗，至今为止在“为什么、怎么办”的前方不断摸索的步伐也变得迟钝。即使如此，未来不顾危险，将过去自己和响一同 战斗，并在最后得到拯救之事告诉了响。　　面对伸出的手告知着“不要害怕”的未来，从寄宿着奇迹的机械之手中，发出“不再逃避”誓言的响。即使战斗也有想要得 到的真实——如此呐喊着的卡萝所率领的敌势力，以及，即使战斗也要守护的真实——如此追求着的响，在这一瞬间，冲突的理由第一次集合起来。

连响的永恒之枪都被打碎，保持完整战斗状态的装者终于一个都不剩了。对于这前所未有的危机状况，期待能有回天之术而被推进的Project IGNITE。　唯一的希望，是让Symphogear强化计划能顺利进展。此时，发生了让发令所为之震动的爆炸冲击。那是自动人偶蜜卡对本部的强袭。为了争取强化型Symphogear完成前的时间，调和切歌飞奔而出。她们使用从医疗室拿出的model_K——奏曾使用过的LiNKER展开奋战，但蜜卡的战斗力连这也压倒了。　　在猛攻不断持续时，恢复了意识的响宣言将要再度歌唱，但其胸中已经失去了永恒之枪，而由于挂念着未来，笑容中也缺少了神采。仅仅注视前方，并发誓将可能性连结到后方的调和切歌，施展了最后王牌，经由LiNKER过剩投入进行的连携攻击。面对两人不顾负荷勉强提升的音能量，蜜卡眯起眼道“这就足够了”。

在调和切歌遭遇危机之时，获得新的力量的翼与克莉丝赶往援助。不仅是出力增加，还施加了屏障场调整的强化型Symphogear，Arca Noise的解剖器官的分解效果也对其无效。　翼与克莉丝击溃蜂拥而至的Arca Noise，打算好好地回敬自动人偶蜜卡。但炼金术的障壁，挡下了她们至近的一击。以计划优先为理由，卡萝命令蜜卡撤退，自己则立于最前线。在将回忆焚烧并变换炼成战斗力后，达乌尔达布拉的浮士德法衣终于发动袭击。　　为了对抗卡萝那不必吟唱就施展出压倒性力量的猛攻，翼和克莉丝启动了新搭载上强化型Symphogear的IGNITE模块。但，被拔出的魔剑的诅咒侵蚀着两名装者的心，几乎引发暴走事故。就在以为万事皆休之时，响装备着同样经过改修的Gear赶到了。不再畏惧、提议再一次启动IGNITE模块的响，对翼与克莉丝倾诉：守护某人的力量——Symphogear，必定也会守护自己。

玛丽亚想获得不输于命运的力量，其自我的特点是懦弱，包括对自己说不要惊慌也是懦弱的象徵表现想借由装备赛莲娜gear的这份光辉变得更强大，就如同标题一样，被翼认为是妈妈的感觉第一次暴走是因为想杀死懦弱的自己，但却不明白那即是自己，也就是否认自我所以暴走，所以玛丽亚其实是输给了自己而在最后玛丽亚终於理解了强大的意义，那就是认识你自己（γνῶθι σεαυτόν ）

响愿意去见父亲是多亏了未来的鼓励，认为是爸爸破坏了一切，但可能自己也有些责任在响的记忆中，父亲是一个温柔帅气的人，但是却也见到了父亲的另一面对自己的所作所为毫无自知之明且毫无责任感，感觉逊毙了要是不想拖人后腿，一定要意志坚定，对自己的选择不后悔，大家会生我们的气，一定是为我们著想，勇敢直面自己所作所为的强大，就算前辈撒手不管也能像模像样地前进，不成为别人的绊脚石，那不仅仅是让自己变得更强，更要对自己的行动负责，人偶目的是调查电力路线，由於电力总量低下，电力会优先提供给政府据点，探索那里可发现表面无法看见的首都构造

风鸣翼和玛利亚来到了凤鸣八紘宅邸，也就是风鸣翼的本家，执行要石防卫任务。遇到了前来袭击的自动人偶法拉，两人与之展开激战却不幸战败，风鸣翼遭受重创，要石也被击碎。而深渊之龙宫也被卡萝和蕾亚入侵，克丽丝、切歌和小调前往支援，而凤鸣八紘宅邸再次遭到法拉的袭击，风鸣翼在得知父亲的苦衷后奇迹般的击败了法拉。

克丽丝、切歌和小调在深渊之龙宫遭遇了威尔博士和卡萝、蕾亚，展开了战斗，在蕾亚攻击克丽丝时被重创的切歌和小调档下，在两人的激励下重拾斗志的克丽丝使用了Ichii-Bal的技能击败了对手。

天空裂开了，威尔的城堡出现在天空之上。城堡内部，威尔却与卡萝产生了冲突，卡萝杀死了威尔控制了整座城堡，并与小响展开战斗，随后风鸣翼、克丽丝、玛利亚、切歌和小调等五人支援到达，双方展开了激斗。

调因切歌“不想让调再战斗了”，就和调大战。两个人最后用注射Linker的方式决斗。绝唱后的调明显不是切歌的对手，两个锯子都被切歌的巨镰（相当大，有两个半人那么高）切断了。当切歌准备给调致命一击时，菲尼的灵魂觉醒了，施展出了和上次切歌看到的一样的防护罩。这时的切歌非常后悔，想用自己的武器自尽。调为救切歌替她承受住了斩断灵魂的一击，濒临死亡之际菲尼的灵魂出现，与之对话，菲尼表示原本以为可以不再覆盖掉别人的灵魂而重生，但看到调，告知自己已经是亡灵，请她向立花响传递“总有一日，人与人终能互相理解“的话语，以及表明使世人能互相理解的任务是她们这些当下年轻人的责任，于是选择以自己的灵魂代替调的灵魂被击毁而消散。最终调无伤清醒，和切歌相拥，二人彻底和解。

最终决战中，响六人击破了卡萝的防御，迫使卡萝燃烧了记忆化作力量来抵挡六人的攻击，响在融合其余人的力量后，使用永恒之枪击败了卡萝。