村中巫女·琉璃讲述百物语。“石神村”的创始人，就是宇航员，千空的父亲‧百夜……在石化现象发生的瞬间，在宇宙空间站里的百夜他们6位宇航员，为了寻找人类石化的原因，决心返回地球。但是，他们要面对的是残酷的生存条件。跨越数千年，百夜给千空的留言到底是……