持续进行禁术研究的大蛇丸，其根据地被第三代火影·日斩踏入而陷入穷途末路。但日斩没有对昔日的学生大蛇丸下手，因而导致大蛇丸逃跑了。包括卡卡西在内的暗部则是被下达了追捕大蛇丸的任务。曾经暗中和大蛇丸共同研究禁术的团藏害怕事实被揭穿，于是让“根”的一名忍者前去帮助大蛇丸，而这名忍者正是卡卡西以前曾目击到的使用木遁忍术的少年……