东京湾的新设施“海洋边缘”成为东京峰会召开地。在峰会召开的5月1日，会有2万2千名警察出动。这样的超巨大设施，某天突然发生了大规模爆炸案！那里，有从属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。在峰会当天没有发生，而是在事前发生的爆炸案，以及秘密暗中出动的安室的无法理解的行动令柯南不禁感到蹊跷。现场留下的作为证据的指纹，与曾在警视厅就职的毛利小五郎的指纹一致！这是什么样的阴谋。柯南与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对。神秘的存在——安室透，究竟是敌人，还是伙伴？“绝密任务”的倒计时，已经开始向“那个时候”转动起来了……