超过一百八十万名学生齐聚一堂，接受超能力开发课程的“学园都市”。位居都市的顶点，学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任“风纪委员”的初春饰利，以及初春的好朋友佐天泪子。意气相投的四人，一同快乐享受着放学后的这段时光，然而初春却发现面前的银行有异状……