人类遭受神秘敌人“涅洛伊”的攻击。一名戴着眼罩的少女‧坂本美绪，某天前往造访另一名平凡的少女‧宫藤芳佳。美绪试图邀请芳佳加入与涅洛伊对战的部队，第501统合战斗航空团，通称强袭魔女小队──。