特异灾害对策机动部二课从日本政府调职到联合国，并被重编为超常灾害对策机动部队S.O.N.G。其主要的职权是包括可能被再观测到的认定特异灾害在内，对于那些以通常的应对力难以应付的超常威胁的处理措施，然而自从对无法控制的航天飞机救助以来，便仅限作为主要为大规模灾害及事故善后的机关而发挥机能。但在某天，神秘的反应波形被检测到。在红色粒子飞舞的月下，人偶盯上了身穿黑衣的小小人影。那正是新的战斗的开端。突然喷出的火柱立刻化作火海，将周边吞噬殆尽。接受了火灾救助应援邀请的立花响，身披奇迹之形Symphogear奔赴现场……但在她的前方，与在业火中流泪的卡萝邂逅的理由，她仍无从知晓。